More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0463 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000843852  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000230782  hitchhiker  0.0000579861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109188  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0378  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000507603  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3480  50S ribosomal protein L28  96.15 
 
 
78 aa  156  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000307468  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  94.87 
 
 
106 aa  154  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3827  50S ribosomal protein L28  94.87 
 
 
78 aa  154  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.199336  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0328  50S ribosomal protein L28  94.87 
 
 
78 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000391989  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4560  50S ribosomal protein L28  93.59 
 
 
78 aa  152  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00191213  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3836  50S ribosomal protein L28  91.03 
 
 
78 aa  152  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000849102  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0386  50S ribosomal protein L28  92.31 
 
 
78 aa  151  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  hitchhiker  0.000000115642 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  80.77 
 
 
78 aa  135  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0191  50S ribosomal protein L28  78.21 
 
 
78 aa  135  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000089275  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  80.52 
 
 
78 aa  134  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0062  50S ribosomal protein L28  80.52 
 
 
78 aa  134  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140905  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4154  50S ribosomal protein L28  80.52 
 
 
78 aa  134  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466012  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00654  50S ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  133  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001820  LSU ribosomal protein L28p  75.64 
 
 
78 aa  133  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145  50S ribosomal protein L28  76.92 
 
 
78 aa  133  8e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00227555  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00055  ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  133  9e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000288614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0209  ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  133  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4008  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.236332  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2599  50S ribosomal protein L28  76.92 
 
 
78 aa  133  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3945  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00834113  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4115  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0258863  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3927  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0253871  hitchhiker  0.00124431 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4054  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26226  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03494  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0068  ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138765  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3846  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.05688e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4138  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03446  hypothetical protein  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00212142  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0074  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000990162  hitchhiker  0.000000134659 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4062  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000394805  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3972  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000229702  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5007  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000024574  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4099  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0864217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3959  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0699911  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  79.49 
 
 
78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4389  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00781562  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0102  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000949516  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  79.49 
 
 
78 aa  131  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4841  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  130  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000224524  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  74.36 
 
 
78 aa  129  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185253  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  76.92 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  76.92 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  76.92 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  74.36 
 
 
78 aa  128  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  127  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  75.64 
 
 
78 aa  127  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  73.08 
 
 
78 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  70.51 
 
 
78 aa  124  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0048  ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  123  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.635259  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  75 
 
 
77 aa  122  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  74.36 
 
 
78 aa  122  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  76.32 
 
 
77 aa  123  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  76.32 
 
 
77 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  76.32 
 
 
77 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0544  50S ribosomal protein L28  69.23 
 
 
78 aa  121  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0520  50S ribosomal protein L28  69.23 
 
 
78 aa  121  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  74.36 
 
 
78 aa  120  8e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  120  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  119  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0629  50S ribosomal protein L28  70.51 
 
 
78 aa  119  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000303775 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1137  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2420  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.127484  hitchhiker  0.000900978 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  72.37 
 
 
77 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  66.67 
 
 
78 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  66.67 
 
 
78 aa  118  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  71.05 
 
 
77 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  71.05 
 
 
77 aa  117  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>