More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0671 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0671  50S ribosomal protein L28  100 
 
 		 96 aa  193  7e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0158059  normal  0.225806 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2583  50S ribosomal protein L28  87.23 
 
 		 95 aa  166  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.273266  hitchhiker  0.000206552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3424  50S ribosomal protein L28  81.25 
 
 		 96 aa  159  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0875436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2433  50S ribosomal protein L28  82.42 
 
 		 91 aa  155  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102764  normal  0.494456 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2016  50S ribosomal protein L28  77.08 
 
 		 96 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.42169  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0726  50S ribosomal protein L28  77.08 
 
 		 96 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140106  normal  0.323515 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3114  50S ribosomal protein L28  76.04 
 
 		 96 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.878513  hitchhiker  0.00268781 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2290  50S ribosomal protein L28P  70.21 
 
 		 94 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.798347 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0918  50S ribosomal protein L28  68.75 
 
 		 99 aa  133  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.904068  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0406  50S ribosomal protein L28  64.58 
 
 		 97 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.624837 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3074  50S ribosomal protein L28  72.22 
 
 		 98 aa  133  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2015  50S ribosomal protein L28  68.75 
 
 		 97 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.375117  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2196  50S ribosomal protein L28  70.45 
 
 		 100 aa  130  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472947  normal  0.335453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1706  ribosomal protein L28  66.67 
 
 		 96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.298702  normal  0.0538671 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1939  50S ribosomal protein L28  67.71 
 
 		 97 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3667  50S ribosomal protein L28  68.75 
 
 		 96 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.817393  hitchhiker  0.00205217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0502  50S ribosomal protein L28  64.58 
 
 		 97 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4518  50S ribosomal protein L28  68.75 
 
 		 96 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0253871  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4041  50S ribosomal protein L28  65.62 
 
 		 96 aa  127  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2556  50S ribosomal protein L28  67.71 
 
 		 96 aa  126  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.646246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0494  50S ribosomal protein L28  64.21 
 
 		 101 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0325  50S ribosomal protein L28  65.96 
 
 		 96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00371256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3586  50S ribosomal protein L28  65.62 
 
 		 99 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18615 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0283  50S ribosomal protein L28  66.32 
 
 		 101 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2750  50S ribosomal protein L28  64.58 
 
 		 97 aa  124  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0077  50S ribosomal protein L28  63.54 
 
 		 98 aa  123  9e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3425  50S ribosomal protein L28  66.29 
 
 		 98 aa  122  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.297122  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2326  50S ribosomal protein L28  63.54 
 
 		 97 aa  122  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.972077  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0222  50S ribosomal protein L28  65.96 
 
 		 94 aa  123  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0543  50S ribosomal protein L28  65.56 
 
 		 101 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.311837 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3204  50S ribosomal protein L28  64.58 
 
 		 101 aa  121  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2978  50S ribosomal protein L28  64.58 
 
 		 101 aa  121  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.446574 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3879  50S ribosomal protein L28  67.05 
 
 		 98 aa  121  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0687874 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4128  50S ribosomal protein L28  69.51 
 
 		 101 aa  118  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.499377  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3160  50S ribosomal protein L28  62.5 
 
 		 101 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.75294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3701  50S ribosomal protein L28  63.33 
 
 		 100 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.271345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7548  50S ribosomal protein L28  62.79 
 
 		 102 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0546  50S ribosomal protein L28  69.14 
 
 		 101 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0527039 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3302  50S ribosomal protein L28  53.12 
 
 		 100 aa  111  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.592148  normal  0.0516815 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0210  50S ribosomal protein L28  53.26 
 
 		 99 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2702  50S ribosomal protein L28  54.32 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.645172  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0321  ribosomal protein L28  45.83 
 
 		 102 aa  95.5  2e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1282  50S ribosomal protein L28  64.29 
 
 		 77 aa  93.2  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.397873  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0542  50S ribosomal protein L28  45.16 
 
 		 100 aa  91.7  3e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0666113  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0484  50S ribosomal protein L28  46.24 
 
 		 100 aa  90.5  6e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.167869  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  61.43 
 
 		 78 aa  90.1  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  61.43 
 
 		 77 aa  89.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  61.43 
 
 		 77 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  61.43 
 
 		 77 aa  89.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3214  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  89.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0391  50S ribosomal protein L28  46.15 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  88.6  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  61.43 
 
 		 77 aa  89.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3802  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  88.2  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  56.16 
 
 		 78 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  54.43 
 
 		 78 aa  88.2  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  56.16 
 
 		 78 aa  87.8  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  87.8  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  56.16 
 
 		 78 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0753  50S ribosomal protein L28  66.67 
 
 		 77 aa  87.8  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.542713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 78 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 78 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 78 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2420  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.127484  hitchhiker  0.000900978 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1137  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 163 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 163 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3180  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  86.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0815  50S ribosomal protein L28P  45.74 
 
 		 95 aa  86.7  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00548085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3149  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.65679 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1117  50S ribosomal protein L28  63.49 
 
 		 77 aa  85.9  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  53.16 
 
 		 78 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2139  ribosomal protein L28  56.16 
 
 		 78 aa  85.5  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.476497  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  53.16 
 
 		 78 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  56.16 
 
 		 78 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 77 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 77 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 77 aa  84.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2589  50S ribosomal protein L28  58.57 
 
 		 78 aa  84.7  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.155889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  60.32 
 
 		 77 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  53.16 
 
 		 78 aa  84.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0481  50S ribosomal protein L28  53.57 
 
 		 78 aa  83.6  8e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0546  50S ribosomal protein L28  53.57 
 
 		 78 aa  83.6  8e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  83.6  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  83.6  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  54.79 
 
 		 78 aa  83.6  9e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>