More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2346 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2346  putative methyltransferase protein  100 
 
 
208 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.183128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2157  Methyltransferase type 11  78.85 
 
 
208 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0914034  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2561  Methyltransferase type 11  78.37 
 
 
208 aa  332  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37373  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3359  hypothetical protein  24.64 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.488904 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1080  Methyltransferase type 11  40.65 
 
 
215 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4865  Methyltransferase type 11  43.75 
 
 
218 aa  61.2  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.127304 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1443  UbiE/COQ5 methyltransferase  30.99 
 
 
201 aa  60.1  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000720373  normal  0.0497361 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2926  UbiE/COQ5 methyltransferase  32.43 
 
 
215 aa  56.6  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000153656  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2940  methyltransferase type 11  38.46 
 
 
224 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0463  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  28.57 
 
 
250 aa  56.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3945  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  35.45 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3551  demethylmenaquinone methyltransferase  35.78 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0405  demethylmenaquinone methyltransferase  35.78 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.403287  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0271  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  35.45 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3641  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  35.45 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3725  demethylmenaquinone methyltransferase  35.78 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0323  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferases  34.55 
 
 
251 aa  55.8  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.958753  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0312  Methyltransferase type 11  47.95 
 
 
232 aa  55.1  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3202  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methlytransferase UbiE  35.78 
 
 
251 aa  54.7  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7236  Methyltransferase type 12  33.57 
 
 
234 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3763  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  35.45 
 
 
251 aa  54.3  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0632  biotin synthesis protein BioC  34.69 
 
 
312 aa  54.7  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104697  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4199  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methlytransferase UbiE  34.86 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45410  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.82 
 
 
253 aa  53.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179927  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4201  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4250  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1232  methyltransferase type 11  32.23 
 
 
238 aa  53.5  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.976917  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4178  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.962772  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4357  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4297  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1039  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.91 
 
 
241 aa  53.1  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0431  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.86 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.159062  hitchhiker  0.0000667 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5232  methyltransferase type 11  39.42 
 
 
352 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3895  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.86 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.4649  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3960  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.82 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0746465 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0419  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.86 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0506  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.86 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0445  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.86 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187756  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1528  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.91 
 
 
241 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.828667  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0475  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferases  34.86 
 
 
251 aa  52.8  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1558  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.91 
 
 
241 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1148  methyltransferase type 11  36.36 
 
 
215 aa  52.4  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3915  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.55 
 
 
251 aa  52.4  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3792  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.94 
 
 
251 aa  52.4  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4146  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5274  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.123369  normal  0.211011 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4354  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.556022  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4216  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00227535 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0461  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferases  34.86 
 
 
251 aa  52  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4175  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0103348 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4305  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4057  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  52  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0523  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  37.72 
 
 
256 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.846514  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4209  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferases  34.86 
 
 
266 aa  51.6  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03726  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1026  methyltransferase type 11  38.3 
 
 
207 aa  50.8  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.735672  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03675  hypothetical protein  33.64 
 
 
251 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0503  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  30.82 
 
 
242 aa  50.1  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2343  methyltransferase type 11  33.93 
 
 
367 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.479505 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5021  Methyltransferase type 11  32.99 
 
 
214 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0746  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.03 
 
 
251 aa  50.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0248  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.64 
 
 
251 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1640  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  24.66 
 
 
237 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.169643  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1569  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  25.34 
 
 
237 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.781622  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0469  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  25 
 
 
234 aa  50.1  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0252  Methyltransferase type 12  33.98 
 
 
227 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.965523  hitchhiker  0.00106675 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3776  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  25.34 
 
 
237 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0393069  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0527  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  34.82 
 
 
251 aa  49.7  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3373  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.03 
 
 
251 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5011  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.03 
 
 
256 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1592  methyltransferase type 11  34.52 
 
 
225 aa  49.3  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.367784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1367  23S rRNA methyltransferase A  36.36 
 
 
269 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000667026  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6054  methyltransferase type 11  34.15 
 
 
241 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4885  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.03 
 
 
256 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1836  demethylmenaquinone methyltransferase / 2-octaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methylase  28.46 
 
 
246 aa  49.3  0.00004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6865  Methyltransferase type 11  24.82 
 
 
282 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5061  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.33 
 
 
256 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2233  Methyltransferase type 11  30.52 
 
 
204 aa  48.9  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.569046  hitchhiker  0.00169364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0454  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.33 
 
 
256 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0799871  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4096  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.33 
 
 
251 aa  49.3  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4152  Methyltransferase type 11  35.58 
 
 
239 aa  48.5  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.101054 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0348  hypothetical protein  34.78 
 
 
208 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.11153  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10570  benzoquinone methyltransferase  30.77 
 
 
241 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.175539  normal  0.480356 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1602  UbiE/COQ5 family methlytransferase  34.15 
 
 
251 aa  48.5  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2996  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.33 
 
 
254 aa  48.5  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0726  UbiE/COQ5 family methlytransferase  34.15 
 
 
251 aa  48.5  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.195115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2181  methyltransferase type 11  35.82 
 
 
250 aa  48.5  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0100856 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2997  UbiE/COQ5 family methlytransferase  34.15 
 
 
251 aa  48.5  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2288  UbiE/COQ5 family methlytransferase  34.15 
 
 
251 aa  48.5  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.508663  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2740  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  39.29 
 
 
238 aa  48.5  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1130  Methyltransferase type 11  29.31 
 
 
269 aa  48.1  0.00008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.052187  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1236  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  24.66 
 
 
237 aa  48.5  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.228899  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03490  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  31.19 
 
 
261 aa  48.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2020  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  27.78 
 
 
236 aa  48.1  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0755  Methyltransferase type 12  25.95 
 
 
264 aa  48.5  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000828856  normal  0.444973 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2150  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  22.92 
 
 
234 aa  48.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000360433  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0956  methyltransferase type 11  29.73 
 
 
487 aa  48.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5802  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  33.33 
 
 
256 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1534  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  24.66 
 
 
237 aa  48.1  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.190517  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1676  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  24.66 
 
 
237 aa  48.1  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000970326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>