45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3911 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3911  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1310  hypothetical protein  84.53 
 
 		 265 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.282848  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4795  outer membrane insertion C-terminal signal  74.62 
 
 		 263 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.814191  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4110  hypothetical protein  58.12 
 
 		 274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.2521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1117  hypothetical protein  54.35 
 
 		 274 aa  274  9e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2970  hypothetical protein  48.76 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1819  hypothetical protein  38.31 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  39.09 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4835  porin  34.9 
 
 		 313 aa  105  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4340  porin  29.97 
 
 		 314 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5381  outer membrane insertion C-terminal signal  35.03 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0409917  normal  0.642403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4552  porin  28.82 
 
 		 285 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.477499  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3063  porin  27.42 
 
 		 300 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  25.2 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  27.76 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  26.64 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  24.48 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  28.17 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  25.8 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.43 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  25.61 
 
 		 232 aa  53.5  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  25.53 
 
 		 228 aa  53.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  24.04 
 
 		 300 aa  52  0.000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  27.46 
 
 		 240 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  27.84 
 
 		 229 aa  49.3  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  25.11 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  24.24 
 
 		 207 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  25.42 
 
 		 229 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  25.11 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  26.03 
 
 		 997 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  32.08 
 
 		 703 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  28.69 
 
 		 254 aa  46.2  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  24.24 
 
 		 201 aa  45.8  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  25.53 
 
 		 236 aa  45.4  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  23.43 
 
 		 236 aa  45.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1215  omp25/ropB family outer membrane protein  24.58 
 
 		 281 aa  44.7  0.002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  9.29798e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  23.33 
 
 		 234 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  25.69 
 
 		 570 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  26.67 
 
 		 243 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  31.45 
 
 		 703 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  28.49 
 
 		 245 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  26.18 
 
 		 236 aa  43.5  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  25.64 
 
 		 241 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  26.64 
 
 		 207 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  28.4 
 
 		 255 aa  42.4  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>