42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4110 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4110  hypothetical protein  100 
 
 
274 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.2521  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1310  hypothetical protein  59.71 
 
 
265 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.282848  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3911  hypothetical protein  58.56 
 
 
264 aa  295  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4795  outer membrane insertion C-terminal signal  57.76 
 
 
263 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.814191  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1117  hypothetical protein  52.86 
 
 
274 aa  266  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2970  hypothetical protein  48.94 
 
 
276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1819  hypothetical protein  34.58 
 
 
302 aa  168  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5381  outer membrane insertion C-terminal signal  27.48 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0409917  normal  0.642403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  28.71 
 
 
299 aa  106  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4835  porin  26.45 
 
 
313 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4552  porin  26.41 
 
 
285 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.477499  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3063  porin  26.4 
 
 
300 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4340  porin  27.36 
 
 
314 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  25.98 
 
 
255 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  28.35 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  25.38 
 
 
250 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  28.35 
 
 
258 aa  53.5  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  22.65 
 
 
230 aa  52.8  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  22.65 
 
 
230 aa  52.8  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  26.34 
 
 
248 aa  52  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  25.48 
 
 
232 aa  50.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  32.11 
 
 
254 aa  48.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  24.16 
 
 
228 aa  47.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.44 
 
 
236 aa  47.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  27.64 
 
 
284 aa  46.6  0.0004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  32.58 
 
 
247 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  24.87 
 
 
229 aa  45.8  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  23.89 
 
 
229 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  30.54 
 
 
447 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  23.11 
 
 
236 aa  45.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  22.91 
 
 
201 aa  44.3  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  25.91 
 
 
452 aa  43.5  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  24.74 
 
 
239 aa  43.9  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  23.6 
 
 
228 aa  43.5  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  23.77 
 
 
283 aa  43.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  23.92 
 
 
245 aa  42.7  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  23.23 
 
 
248 aa  42.7  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  41.18 
 
 
236 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  22.35 
 
 
211 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31.87 
 
 
454 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  24.8 
 
 
228 aa  42.4  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  22.67 
 
 
211 aa  42  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>