81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4835 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4835  porin  100 
 
 		 313 aa  637    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  57.79 
 
 		 299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5381  outer membrane insertion C-terminal signal  55.95 
 
 		 299 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0409917  normal  0.642403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4340  porin  50.31 
 
 		 314 aa  275  8e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3063  porin  44.73 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4552  porin  45.08 
 
 		 285 aa  245  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.477499  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4795  outer membrane insertion C-terminal signal  32.44 
 
 		 263 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.814191  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1117  hypothetical protein  29.77 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4110  hypothetical protein  26.45 
 
 		 274 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.2521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2970  hypothetical protein  29.17 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1819  hypothetical protein  29.15 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3911  hypothetical protein  35.8 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1310  hypothetical protein  27.8 
 
 		 265 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.282848  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  27.27 
 
 		 240 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  27.27 
 
 		 240 aa  67  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30.89 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.34 
 
 		 661 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  24.38 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  25.54 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  27.33 
 
 		 261 aa  57.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  24.38 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  24.22 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  23.91 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  25.57 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  25.18 
 
 		 689 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  26.52 
 
 		 274 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  24.71 
 
 		 241 aa  53.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  26.45 
 
 		 274 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  31.38 
 
 		 279 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  27.78 
 
 		 237 aa  52.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  29.87 
 
 		 447 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  26.87 
 
 		 692 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  25.1 
 
 		 248 aa  52  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  27.42 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  25.62 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  26.37 
 
 		 274 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  32.48 
 
 		 248 aa  50.4  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  33.7 
 
 		 703 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  24.9 
 
 		 234 aa  50.1  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  31.77 
 
 		 703 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.41 
 
 		 236 aa  49.7  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  27.95 
 
 		 258 aa  49.7  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 670 aa  49.7  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  24.79 
 
 		 225 aa  49.3  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  23.39 
 
 		 300 aa  49.3  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  26.2 
 
 		 251 aa  49.3  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  31.58 
 
 		 204 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  28.14 
 
 		 245 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  24.09 
 
 		 236 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  27.04 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.65 
 
 		 662 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  28.71 
 
 		 708 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  27.85 
 
 		 230 aa  47  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  27.85 
 
 		 230 aa  47  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  27.51 
 
 		 207 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  24.5 
 
 		 250 aa  46.6  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  28.51 
 
 		 212 aa  47  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  27.51 
 
 		 724 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  25.4 
 
 		 212 aa  46.6  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  28.48 
 
 		 251 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  29.41 
 
 		 254 aa  46.2  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  22.41 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  26.54 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.2 
 
 		 1186 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  30.83 
 
 		 205 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.05 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  24.51 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  22.03 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  26.4 
 
 		 449 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.94 
 
 		 206 aa  44.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  26.86 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  30.86 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  30.13 
 
 		 703 aa  44.3  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  23.72 
 
 		 258 aa  43.9  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  26.32 
 
 		 452 aa  43.5  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.49 
 
 		 207 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  25.84 
 
 		 211 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  25.84 
 
 		 211 aa  42.7  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  27.54 
 
 		 302 aa  42.7  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  23.1 
 
 		 236 aa  42.7  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  24.04 
 
 		 254 aa  42.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>