More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3823 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3823  phosphonate ABC transporter permease  100 
 
 
282 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.378202  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4429  phosphonate ABC transporter permease  84.34 
 
 
282 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5855  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  78.37 
 
 
282 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0463216  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1319  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  60.07 
 
 
287 aa  331  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758207  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4204  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  64.94 
 
 
288 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194817  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4087  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  61.32 
 
 
288 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0914219  normal  0.0810943 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0765  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  62.68 
 
 
288 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2184  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  59.64 
 
 
290 aa  298  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.122688  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3859  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  65.91 
 
 
288 aa  288  7e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199616  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2917  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  61.9 
 
 
286 aa  262  6e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  48.54 
 
 
277 aa  185  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  48.54 
 
 
277 aa  185  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  48.54 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.2 
 
 
270 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
259 aa  178  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  45.15 
 
 
272 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
259 aa  178  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.54 
 
 
259 aa  178  9e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
259 aa  178  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
259 aa  178  9e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  47.52 
 
 
263 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
259 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.06 
 
 
259 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0897  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.07 
 
 
298 aa  175  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.223328  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1342  phosphonate ABC transporter permease  39.7 
 
 
293 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2796  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 
293 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  43.75 
 
 
271 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  43.75 
 
 
271 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.56 
 
 
269 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1413  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.42 
 
 
299 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.7 
 
 
293 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4784  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  49.48 
 
 
441 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0495045  normal  0.124049 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
271 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
271 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
271 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
271 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
271 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4665  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  50.77 
 
 
503 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608536 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3706  phosphonate ABC transporter permease  48.45 
 
 
439 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.344193 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0284  ABC transporter membrane spanning protein (phosphonate)  51.03 
 
 
499 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20330  phosphonate ABC tranporter permease protein  48.02 
 
 
264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293398  normal  0.582568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1747  phosphonate ABC transporter permease PhnE  48.02 
 
 
264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.85 
 
 
271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.54 
 
 
280 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.99 
 
 
272 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  42.25 
 
 
271 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2249  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.46 
 
 
262 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.859646  normal  0.75616 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.63 
 
 
280 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3965  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.46 
 
 
272 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.692533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  42.36 
 
 
280 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5856  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  42.15 
 
 
294 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0234805  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2557  phosphonates ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
262 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108995  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0183  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  47.45 
 
 
267 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.685184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6365  phosphonate ABC transporter, permease component  39.33 
 
 
289 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  40.74 
 
 
365 aa  157  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0873  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  38.03 
 
 
265 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.122179 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2680  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
298 aa  155  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3380  putative phosphonate transport system permease protein htxC phnE  43.56 
 
 
273 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2918  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.65 
 
 
294 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0250  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  42.58 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2012  putative ABC transporter inner membrane component  42.29 
 
 
271 aa  152  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100736  decreased coverage  0.00339933 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2185  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.87 
 
 
290 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  34.66 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  34.66 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  34.66 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  34.66 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.85 
 
 
298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.66 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2202  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  38.17 
 
 
542 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4430  phosphonate ABC transporter permease  43.22 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0827  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.05 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.152622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
276 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
276 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4428  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.1 
 
 
447 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1925  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  43.01 
 
 
272 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.77597  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4086  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  38.05 
 
 
293 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0261465  normal  0.0836049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1320  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.79 
 
 
294 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4114  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.1 
 
 
447 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.95 
 
 
276 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  36.12 
 
 
264 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.68 
 
 
264 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 
264 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0773  phosphonate ABC transporter permease  38.24 
 
 
292 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.741951  normal  0.989098 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2284  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.62 
 
 
266 aa  143  3e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0852833  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4995  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.44 
 
 
245 aa  143  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250762  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4203  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.58 
 
 
294 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.852389  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.68 
 
 
264 aa  142  5e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4179  phosphonate ABC transporter permease  39.45 
 
 
288 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.24 
 
 
264 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.07 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.69 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3236  phosphonate ABC transporter permease  37.84 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0766  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.41 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.87 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1450  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.73 
 
 
273 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.126194  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3860  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.5 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.206995  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.68 
 
 
265 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.4 
 
 
533 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4151  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.45 
 
 
274 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4996  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.11 
 
 
264 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0396446  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>