280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4087 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4087  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  100 
 
 
288 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0914219  normal  0.0810943 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0765  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  78.4 
 
 
288 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1319  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  55.99 
 
 
287 aa  314  9e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758207  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5855  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  62.32 
 
 
282 aa  311  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0463216  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4429  phosphonate ABC transporter permease  67.48 
 
 
282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3823  phosphonate ABC transporter permease  61.32 
 
 
282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.378202  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4204  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  57.88 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194817  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3859  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  60.3 
 
 
288 aa  280  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199616  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2184  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  56.4 
 
 
290 aa  278  8e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.122688  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2917  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  55.91 
 
 
286 aa  234  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.83 
 
 
277 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.83 
 
 
277 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3706  phosphonate ABC transporter permease  50.52 
 
 
439 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.344193 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2796  phosphonate ABC transporter, permease protein  41.06 
 
 
293 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.06 
 
 
293 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1342  phosphonate ABC transporter permease  41.06 
 
 
293 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.23 
 
 
266 aa  172  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4665  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  46.89 
 
 
503 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608536 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0284  ABC transporter membrane spanning protein (phosphonate)  47.8 
 
 
499 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.1 
 
 
272 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.36 
 
 
259 aa  169  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 
259 aa  168  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  42.27 
 
 
272 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 
259 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 
259 aa  168  9e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.27 
 
 
259 aa  168  9e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4784  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.29 
 
 
441 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0495045  normal  0.124049 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 
259 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.37 
 
 
269 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.27 
 
 
263 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.73 
 
 
270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  39.73 
 
 
271 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.73 
 
 
271 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.73 
 
 
271 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2680  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.1 
 
 
298 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4428  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
447 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1747  phosphonate ABC transporter permease PhnE  47.03 
 
 
264 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
271 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
271 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20330  phosphonate ABC tranporter permease protein  47.03 
 
 
264 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293398  normal  0.582568 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
271 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
271 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4114  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.02 
 
 
447 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1413  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.19 
 
 
299 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  40.42 
 
 
365 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.79 
 
 
280 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4086  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  44.33 
 
 
293 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0261465  normal  0.0836049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  38.14 
 
 
271 aa  155  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0897  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.02 
 
 
298 aa  155  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.223328  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.59 
 
 
271 aa  155  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2918  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.47 
 
 
294 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5856  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  42.57 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0234805  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2202  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  37.87 
 
 
542 aa  153  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3380  putative phosphonate transport system permease protein htxC phnE  40.18 
 
 
273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.29 
 
 
280 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.68 
 
 
264 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  39 
 
 
298 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  39.29 
 
 
280 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0250  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  40.82 
 
 
277 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  36.24 
 
 
264 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2185  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
290 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  35.68 
 
 
264 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  35.68 
 
 
264 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  35.68 
 
 
264 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.68 
 
 
264 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0766  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.97 
 
 
293 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  35.68 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2249  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.45 
 
 
262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.859646  normal  0.75616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4430  phosphonate ABC transporter permease  39.74 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3965  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.32 
 
 
272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.692533 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4203  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.78 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.852389  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.24 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1925  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  35.38 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.77597  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  36.24 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2557  phosphonates ABC transporter, permease protein  41.21 
 
 
262 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108995  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1320  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.15 
 
 
294 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.85 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.85 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0183  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  38.92 
 
 
267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.685184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
264 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.27 
 
 
264 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.46 
 
 
276 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2012  putative ABC transporter inner membrane component  38.31 
 
 
271 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100736  decreased coverage  0.00339933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.8 
 
 
271 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0873  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  40.21 
 
 
265 aa  143  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.122179 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0827  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.62 
 
 
267 aa  142  6e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.152622  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.59 
 
 
300 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.59 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0182  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
542 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0131  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, permease component  39.52 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0113761  hitchhiker  0.00000772966 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0912  phosphate ABC transporter permease  31.54 
 
 
275 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.166132  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2675  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.58 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0563966 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4179  phosphonate ABC transporter permease  39.73 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3860  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.36 
 
 
293 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.206995  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.72 
 
 
266 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0773  phosphonate ABC transporter permease  39.29 
 
 
292 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.741951  normal  0.989098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6365  phosphonate ABC transporter, permease component  34.41 
 
 
289 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3822  phosphonate ABC transporter permease  41.9 
 
 
300 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.571251  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2284  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.81 
 
 
266 aa  133  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0852833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>