43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2281 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2281  hypothetical protein  100 
 
 		 197 aa  406  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.380109  normal  0.354927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1154  hypothetical protein  57.65 
 
 		 197 aa  234  7e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000000000130498  unclonable  0.000000151962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0767  hypothetical protein  30.53 
 
 		 188 aa  91.3  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00881796  unclonable  0.0000125283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1069  hypothetical protein  29.31 
 
 		 197 aa  85.9  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0501  hypothetical protein  29.21 
 
 		 180 aa  85.1  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  29.22 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3051  amidophosphoribosyltransferase-like protein  25.68 
 
 		 216 aa  52.4  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  27.88 
 
 		 255 aa  51.6  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  26.06 
 
 		 239 aa  48.5  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3729  comF operon protein 3  25.81 
 
 		 234 aa  47.8  0.00009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.016688  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  32.77 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0938  competence protein ComF, putative  33 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.536329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0877  phosphoribosyltransferase  25.66 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  27.48 
 
 		 268 aa  47  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  22.22 
 
 		 245 aa  46.6  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0226  competence protein  33.7 
 
 		 236 aa  46.6  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  26.8 
 
 		 237 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  25.97 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  26.8 
 
 		 244 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  32.48 
 
 		 259 aa  45.1  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0797  amidophosphoribosyltransferase-like protein  22.08 
 
 		 206 aa  45.4  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.582256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  25.32 
 
 		 247 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000228235  hitchhiker  0.000000230998 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3804  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.39 
 
 		 698 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00343497  decreased coverage  0.0000140841 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  30.77 
 
 		 230 aa  44.3  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000715358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  29.53 
 
 		 253 aa  44.3  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  25.27 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  31.09 
 
 		 272 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2141  comFC protein  22.73 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  32.2 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1671  ComF family protein  29.51 
 
 		 244 aa  42.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  39.34 
 
 		 262 aa  43.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  29.06 
 
 		 231 aa  42.7  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  38.16 
 
 		 255 aa  43.1  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  32.79 
 
 		 248 aa  42.4  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4886  comF operon protein 3  25.33 
 
 		 234 aa  42  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0336  phosphoribosyltransferase  27.91 
 
 		 230 aa  42  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  27.78 
 
 		 249 aa  42  0.006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.96 
 
 		 239 aa  41.6  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  25.97 
 
 		 233 aa  41.6  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  24.44 
 
 		 270 aa  41.6  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2589  ComFC, predicted amidophosphoribosyltransferase  19.64 
 
 		 175 aa  41.2  0.009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0354604  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0248  amidophosphoribosyltransferase  28.57 
 
 		 224 aa  41.2  0.01  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  32.26 
 
 		 271 aa  41.2  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>