More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2111 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2257  biotin synthase  92.92 
 
 		 336 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.148943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3331  biotin synthase  91.72 
 
 		 353 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2111  biotin synthase  100 
 
 		 342 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3236  biotin synthase  86.79 
 
 		 356 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267885  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0492  biotin synthase  68.2 
 
 		 328 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0430  biotin synthase  68.2 
 
 		 346 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.230205  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2823  biotin synthase  66.67 
 
 		 336 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1125  biotin synthetase  61.74 
 
 		 333 aa  427  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0036  biotin synthase  64.08 
 
 		 368 aa  428  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0131  biotin synthase  63.67 
 
 		 340 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0371  biotin synthase  65.47 
 
 		 339 aa  421  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.478786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3139  biotin synthase  61.71 
 
 		 350 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00181497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2949  biotin synthase  64.17 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.992954 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2286  biotin synthase  61.9 
 
 		 331 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0215942 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0277  biotin synthase  62.62 
 
 		 340 aa  420  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.504189  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2320  biotin synthase  64.17 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0133468  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2934  biotin synthase  64.17 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0600  biotin synthase  58.62 
 
 		 352 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6278  biotin synthase  62.3 
 
 		 340 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05980  Biotin synthase  58.75 
 
 		 351 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2756  biotin synthase  59.03 
 
 		 352 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1117  biotin synthase  63.11 
 
 		 345 aa  411  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1580  biotin synthase  60.24 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.309497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2846  biotin synthase  63.02 
 
 		 339 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.699161  normal  0.46425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2983  biotin synthase  63.02 
 
 		 339 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2916  biotin synthase  64.33 
 
 		 320 aa  414  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113509  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0409  biotin synthase  61.31 
 
 		 336 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0362  biotin synthase  58.99 
 
 		 352 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.309451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4088  biotin synthase  58.28 
 
 		 352 aa  408  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.629007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0494  biotin synthetase  59.12 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0103  biotin synthase  61.11 
 
 		 322 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0757617  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4687  biotin synthase  59.43 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.747716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4840  biotin synthase  58.68 
 
 		 352 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.738334 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0570  biotin synthase  61.64 
 
 		 339 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5176  biotin synthase  59.31 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00545091  normal  0.142665 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1978  biotin synthase  57.05 
 
 		 338 aa  409  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2776  biotin synthetase  59.57 
 
 		 350 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0337  biotin synthase  61.11 
 
 		 339 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2017  biotin synthase  61.11 
 
 		 339 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0392  biotin synthase  59.31 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.92095  normal  0.311291 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2269  biotin synthase  61.11 
 
 		 339 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06500  biotin synthase  58.31 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00342267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0388  biotin synthase  61.11 
 
 		 339 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2890  biotin synthase  61.85 
 
 		 338 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.357161 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3077  biotin synthase  61.11 
 
 		 336 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.784786  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1433  biotin synthase  61.49 
 
 		 324 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3457  biotin synthase  58.71 
 
 		 364 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000294325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0388  biotin synthase  58.68 
 
 		 352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.402949  normal  0.564151 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4030  biotin synthase  61.56 
 
 		 345 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.959642 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1438  biotin synthase  58.73 
 
 		 354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.26133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0243  biotin synthase  60.19 
 
 		 341 aa  401  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2359  biotin synthase  58.84 
 
 		 350 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000401407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2431  biotin synthase  58.84 
 
 		 350 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0409194 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2519  biotin synthase  58.84 
 
 		 350 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000351956 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01807  biotin synthase  56.87 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2594  biotin synthase  58.33 
 
 		 367 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02211  Biotin synthase  57.32 
 
 		 374 aa  401  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1795  biotin synthase  58.1 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.46319  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2740  biotin synthase  58.1 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003871  biotin synthase  56.87 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1801  biotin synthase  59.16 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1751  biotin synthase  58.1 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1758  biotin synthase  58.1 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0170  biotin synthase  59.34 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0860  biotin synthase  56.77 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2436  biotin synthase  58.43 
 
 		 337 aa  401  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113139 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2527  biotin synthase  58.1 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2345  biotin synthase  58.1 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.996605  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0630  biotin synthase  57.74 
 
 		 350 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166613  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2931  biotin synthase  58.04 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2101  biotin synthase  58.77 
 
 		 345 aa  394  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2844  biotin synthase  57.73 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1425  biotin synthase  58.04 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0444  biotin synthase  59.67 
 
 		 361 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4266  biotin synthase  59.02 
 
 		 360 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0569769 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0828  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000258207  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00742  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000391904  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2867  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0449634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0923  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0506953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00759  hypothetical protein  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00062155  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0150  biotin synthase  60.66 
 
 		 342 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2868  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0428479  normal  0.0299932 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1505  biotin synthase  58.52 
 
 		 345 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00472809  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0798  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000218975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0858  biotin synthase  57.37 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.353933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2577  biotin synthase  57.88 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000942413  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0117  biotin synthase  58.31 
 
 		 345 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0814388  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1536  biotin synthase  58.47 
 
 		 326 aa  391  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3644  biotin synthase  62.46 
 
 		 345 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0058  biotin synthase  59.18 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.618139 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0838  biotin synthase  57.56 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000158311  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1428  biotin synthase  59.22 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1556  biotin synthase  58.9 
 
 		 315 aa  388  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1923  biotin synthase  60.77 
 
 		 328 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0830  biotin synthase  57.05 
 
 		 346 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0366287  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1866  biotin synthase  56.51 
 
 		 354 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.260603  decreased coverage  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2557  biotin synthase  57.37 
 
 		 369 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000730416  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0921  biotin synthase  57.05 
 
 		 346 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0259  biotin synthase  62.63 
 
 		 316 aa  390  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0574  biotin synthase  60.77 
 
 		 328 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>