More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4088 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0362  biotin synthase  89.49 
 
 		 352 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.309451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4088  biotin synthase  100 
 
 		 352 aa  737    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.629007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0494  biotin synthetase  85.8 
 
 		 352 aa  644    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05980  Biotin synthase  86.65 
 
 		 351 aa  652    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4687  biotin synthase  86.65 
 
 		 352 aa  649    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.747716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5176  biotin synthase  86.86 
 
 		 351 aa  649    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00545091  normal  0.142665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0600  biotin synthase  94.32 
 
 		 352 aa  706    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0392  biotin synthase  89.49 
 
 		 352 aa  673    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.92095  normal  0.311291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06500  biotin synthase  94.89 
 
 		 352 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00342267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0388  biotin synthase  89.2 
 
 		 352 aa  672    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.402949  normal  0.564151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4840  biotin synthase  89.77 
 
 		 352 aa  675    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.738334 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2756  biotin synthase  75.7 
 
 		 352 aa  530  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02211  Biotin synthase  73.39 
 
 		 374 aa  526  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2557  biotin synthase  73.8 
 
 		 369 aa  527  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000730416  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0630  biotin synthase  70.61 
 
 		 350 aa  518  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166613  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00742  biotin synthase  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000391904  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2867  biotin synthase  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0449634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0828  biotin synthase  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000258207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0798  biotin synthase  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000218975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2577  biotin synthase  71.43 
 
 		 346 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000942413  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3139  biotin synthase  70.06 
 
 		 350 aa  517  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00181497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00759  hypothetical protein  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00062155  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0838  biotin synthase  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000158311  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3457  biotin synthase  69.43 
 
 		 364 aa  517  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000294325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2868  biotin synthase  71.14 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0428479  normal  0.0299932 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01807  biotin synthase  67.89 
 
 		 356 aa  511  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0860  biotin synthase  68.01 
 
 		 350 aa  511  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0923  biotin synthase  70.85 
 
 		 346 aa  512  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0506953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0921  biotin synthase  70.35 
 
 		 346 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1505  biotin synthase  69.3 
 
 		 345 aa  508  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00472809  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1425  biotin synthase  68.7 
 
 		 345 aa  509  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0830  biotin synthase  70.64 
 
 		 346 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0366287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2931  biotin synthase  68.7 
 
 		 345 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2844  biotin synthase  68.41 
 
 		 345 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2539  biotin synthase  68.41 
 
 		 346 aa  507  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0270641  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0858  biotin synthase  70.35 
 
 		 346 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.353933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0944  biotin synthase  70.35 
 
 		 346 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.451063  normal  0.921824 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003871  biotin synthase  69.74 
 
 		 350 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0889  biotin synthase  70.35 
 
 		 346 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2964  biotin synthase  68.71 
 
 		 345 aa  503  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1311  biotin synthase  69.88 
 
 		 345 aa  504  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1167  biotin synthase  68.08 
 
 		 370 aa  498  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.893176  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1266  biotin synthase  67.85 
 
 		 346 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.537106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2442  biotin synthase  67.54 
 
 		 346 aa  496  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.167698  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2594  biotin synthase  65.22 
 
 		 367 aa  482  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2740  biotin synthase  63.29 
 
 		 350 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1866  biotin synthase  63.43 
 
 		 354 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.260603  decreased coverage  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2359  biotin synthase  63.29 
 
 		 350 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000401407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2431  biotin synthase  63.29 
 
 		 350 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0409194 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2519  biotin synthase  63.29 
 
 		 350 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000351956 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1438  biotin synthase  64.31 
 
 		 354 aa  481  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.26133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2345  biotin synthase  62.72 
 
 		 350 aa  475  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.996605  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2776  biotin synthase  63.14 
 
 		 354 aa  477  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000782916  normal  0.0347779 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1924  biotin synthase  65.01 
 
 		 351 aa  474  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301701 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2527  biotin synthase  62.43 
 
 		 350 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1801  biotin synthase  63.29 
 
 		 350 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757767  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1758  biotin synthase  62.43 
 
 		 350 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1795  biotin synthase  62.43 
 
 		 350 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.46319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1658  biotin synthase  63.74 
 
 		 357 aa  472  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.688446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1751  biotin synthase  62.43 
 
 		 350 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1719  biotin synthase  64.16 
 
 		 350 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0119643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1475  biotin synthase  63.08 
 
 		 350 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1125  biotin synthetase  67.86 
 
 		 333 aa  461  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0131  biotin synthase  66.67 
 
 		 340 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2286  biotin synthase  63.69 
 
 		 331 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0215942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0125  biotin synthase  64.38 
 
 		 362 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0266  biotin synthase protein  64.58 
 
 		 360 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0246  biotin synthase  65.26 
 
 		 342 aa  440  9.999999999999999e-123  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0117  biotin synthase  63.75 
 
 		 359 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2101  biotin synthase  64.84 
 
 		 345 aa  435  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0170  biotin synthase  63.69 
 
 		 351 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0036  biotin synthase  62.04 
 
 		 368 aa  431  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2949  biotin synthase  64.65 
 
 		 339 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.992954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2320  biotin synthase  64.65 
 
 		 339 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0133468  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0371  biotin synthase  66.23 
 
 		 339 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.478786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2934  biotin synthase  64.65 
 
 		 339 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6278  biotin synthase  65.58 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2846  biotin synthase  66.23 
 
 		 339 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.699161  normal  0.46425 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1580  biotin synthase  64.92 
 
 		 344 aa  428  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.309497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4266  biotin synthase  63.19 
 
 		 360 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0569769 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0117  biotin synthase  66.12 
 
 		 345 aa  430  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0814388  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2983  biotin synthase  65.26 
 
 		 339 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4030  biotin synthase  65.57 
 
 		 345 aa  430  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.959642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0444  biotin synthase  63.19 
 
 		 361 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0103  biotin synthase  63.31 
 
 		 322 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0757617  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0570  biotin synthase  63.64 
 
 		 339 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3077  biotin synthase  63.31 
 
 		 336 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.784786  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2017  biotin synthase  63.31 
 
 		 339 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0337  biotin synthase  63.31 
 
 		 339 aa  426  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0388  biotin synthase  63.31 
 
 		 339 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0409  biotin synthase  63.31 
 
 		 336 aa  424  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2436  biotin synthase  65.82 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113139 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2269  biotin synthase  63.31 
 
 		 339 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0150  biotin synthase  65.8 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2823  biotin synthase  59.01 
 
 		 336 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1786  biotin synthase  64.8 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.904329 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3827  biotin synthase  60 
 
 		 347 aa  421  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2097  biotin synthase  61.09 
 
 		 347 aa  416  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.178229  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3644  biotin synthase  65.12 
 
 		 345 aa  415  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0492  biotin synthase  59.93 
 
 		 328 aa  412  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>