264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3420 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3420  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
154 aa  317  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4252  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  71.23 
 
 
150 aa  228  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4517  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  70.55 
 
 
150 aa  228  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463989  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  66.22 
 
 
153 aa  218  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1700  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.59 
 
 
151 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6382  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  55.78 
 
 
150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0321  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.73 
 
 
154 aa  171  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.457074  hitchhiker  0.00769864 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1578  hypothetical protein  56.85 
 
 
170 aa  169  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418396  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
137 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.84 
 
 
135 aa  77  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.06 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
163 aa  72.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  34.4 
 
 
139 aa  71.2  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.27 
 
 
137 aa  71.6  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.92 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1446  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0189  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.48 
 
 
168 aa  71.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  29.92 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.61 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  32.59 
 
 
137 aa  70.5  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.23 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  33.09 
 
 
164 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  32.37 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.62 
 
 
130 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.61 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.45 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0691  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.66 
 
 
164 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.979336  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3212  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.96 
 
 
144 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1962  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.15 
 
 
160 aa  67.4  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.72415  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  30.5 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.94 
 
 
144 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1980  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.87 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504481 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2104  hypothetical protein  30 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.19996  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.28 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.45 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.19 
 
 
153 aa  66.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
130 aa  65.5  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  30.16 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  28.81 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.81 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  28.81 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  34.07 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  28.81 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  28.81 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  28.81 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  28.81 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  31.62 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.07 
 
 
130 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1429  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.5 
 
 
138 aa  63.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.165331  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.67 
 
 
156 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  29.57 
 
 
133 aa  62.4  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.11 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0522  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.36 
 
 
124 aa  62.8  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.288111  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.36 
 
 
136 aa  61.6  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  31.3 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.31 
 
 
136 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
130 aa  61.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.71 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.32 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.1 
 
 
154 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.4 
 
 
166 aa  60.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  28.45 
 
 
137 aa  60.5  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  32.82 
 
 
129 aa  60.5  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.55 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  28.32 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  29.01 
 
 
148 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  27.07 
 
 
133 aa  60.1  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.61 
 
 
135 aa  59.7  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.43 
 
 
213 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.59 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.43 
 
 
136 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.43 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.83 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.35 
 
 
175 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.81 
 
 
152 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.77 
 
 
149 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0414  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.38 
 
 
132 aa  58.5  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.78 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0373  hypothetical protein  27.73 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.752552  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.34 
 
 
154 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1327  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.77 
 
 
130 aa  57.8  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.23 
 
 
147 aa  57.4  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  27.14 
 
 
141 aa  57.4  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.12 
 
 
135 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.32 
 
 
162 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.01 
 
 
129 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  28.57 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  28.81 
 
 
164 aa  56.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.27 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  33.93 
 
 
135 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.89 
 
 
149 aa  55.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.7 
 
 
158 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.4 
 
 
128 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>