239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1962 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1962  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
160 aa  337  5e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.72415  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0189  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  81.01 
 
 
168 aa  273  8e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1446  hypothetical protein  67.72 
 
 
164 aa  239  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  67.72 
 
 
164 aa  238  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  67.72 
 
 
164 aa  238  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  70.2 
 
 
164 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  67.09 
 
 
164 aa  237  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  67.09 
 
 
164 aa  237  5e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  67.09 
 
 
164 aa  237  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  67.09 
 
 
164 aa  236  9e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0691  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60 
 
 
164 aa  203  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.979336  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2104  hypothetical protein  63.45 
 
 
156 aa  200  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.19996  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.76 
 
 
156 aa  197  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.55 
 
 
153 aa  172  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124259  normal  0.831461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.07 
 
 
163 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42 
 
 
162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  30.77 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  35.25 
 
 
137 aa  82  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.58 
 
 
137 aa  78.6  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
137 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
153 aa  76.3  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.82 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  31.01 
 
 
139 aa  73.6  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.56 
 
 
165 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
153 aa  70.9  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.46 
 
 
136 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  30.43 
 
 
154 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.93 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  34.71 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.5 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.4 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  29.69 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.54 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.85 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.46 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.95 
 
 
139 aa  67.8  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.87 
 
 
213 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.12 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.94 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.33 
 
 
138 aa  67  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.62 
 
 
136 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.97 
 
 
133 aa  67  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.37 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.61 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.72 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.87 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.65 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.69 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  27.27 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.12 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
147 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1980  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
143 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504481 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.36 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6234  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.65 
 
 
151 aa  65.1  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.655235  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  29.06 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  32.28 
 
 
148 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.81 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  31.91 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.06 
 
 
161 aa  64.3  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.59 
 
 
175 aa  64.3  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.32 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.93 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.24 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.94 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  30.94 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  30.94 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.15 
 
 
154 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0321  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.4 
 
 
154 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.457074  hitchhiker  0.00769864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.94 
 
 
143 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  29.08 
 
 
139 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  30.94 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  30.94 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  27.86 
 
 
137 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.51 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.36 
 
 
154 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.1 
 
 
136 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  30.94 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  30.94 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.47 
 
 
162 aa  62.4  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.32 
 
 
154 aa  62.4  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.37 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  27.34 
 
 
133 aa  62  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
138 aa  61.6  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.41 
 
 
146 aa  61.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
130 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
130 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  32.06 
 
 
129 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.78 
 
 
135 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4517  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.03 
 
 
150 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463989  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.55 
 
 
131 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05260  conserved hypothetical protein  29.75 
 
 
129 aa  60.8  0.000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.641926  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.3 
 
 
142 aa  60.8  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.33 
 
 
130 aa  60.8  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>