83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2103 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2103  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  100 
 
 		 101 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658737 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3473  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  79 
 
 		 100 aa  170  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2223  sarcosine oxidase, delta subunit  74.26 
 
 		 101 aa  170  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.075744  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2451  sarcosine oxidase, delta subunit  70.3 
 
 		 101 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164476  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5915  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  58.23 
 
 		 85 aa  102  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0453  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  56.96 
 
 		 86 aa  100  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000175781  normal  0.381064 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2495  sarcosine oxidase subunit D  48.35 
 
 		 88 aa  96.7  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403118  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1695  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  48.1 
 
 		 91 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1350  sarcosine oxidase subunit D  37.33 
 
 		 89 aa  67.8  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000302507  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2882  sarcosine oxidase, delta subunit family  44.94 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.245307  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1102  sarcosine oxidase subunit delta  43.59 
 
 		 98 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3857  sarcosine oxidase delta subunit family protein  41.03 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.024092  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0868  sarcosine oxidase delta subunit family protein  42.86 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1599  SoxD  42.31 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245125  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0047  sarcosine oxidase subunit delta  41.33 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0394  sarcosine oxidase, delta chain  44 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3703  sarcosine oxidase delta subunit family protein  37.14 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18820  sarcosine oxidase, delta subunit family, heterotetrameric form  38.38 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0997  sarcosine oxidase delta subunit (sarcosine oxidasesubunit D)  44 
 
 		 97 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.97807  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5049  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  39.74 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43634  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3332  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  42.67 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.508488 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3594  sarcosine oxidase, delta subunit family  36.36 
 
 		 136 aa  56.2  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1953  sarcosine oxidase delta subunit  43.84 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3505  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  41.03 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4829  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.67 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1861  sarcosine oxidase, delta subunit  43.84 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762279  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4545  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.67 
 
 		 103 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5150  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.67 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3217  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.67 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00204366  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5068  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  42.67 
 
 		 103 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5129  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  42.67 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  0.549971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0487  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  41.33 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4130  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.29 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6205  sarcosine oxidase delta subunit  40.48 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71490  sarcosine oxidase delta subunit  40.48 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3392  sarcosine oxidase, delta subunit family  39.02 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0969492  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0459  sarcosine oxidase, delta subunit  38.1 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3992  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.94 
 
 		 114 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3737  sarcosine oxidase delta subunit family protein  34.94 
 
 		 98 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.573954  normal  0.413879 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2365  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  37.84 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4714  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.9 
 
 		 98 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8585  sarcosine oxidase, delta subunit family  38.55 
 
 		 100 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2637  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  35 
 
 		 95 aa  50.4  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4032  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.94 
 
 		 98 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.110857 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5206  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  38.1 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0223  sarcosine oxidase, delta subunit  34.31 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.835097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0230  sarcosine oxidase, delta subunit  34.31 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0302  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.14 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499086  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2116  putative sarcosine oxidase  41.79 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0999  sarcosine oxidase delta subunit family protein  45.28 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0993  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.75 
 
 		 84 aa  47.4  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.706743  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5745  sarcosine oxidase delta subunit  32.91 
 
 		 90 aa  47.4  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.576459  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0970  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.9 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1935  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  33.78 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3776  sarcosine oxidase delta subunit  36.9 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1948  sarcosine oxidase, delta subunit  33.33 
 
 		 87 aa  45.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.593467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0324  sarcosine oxidase, delta subunit family  36.9 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.434954  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1653  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  33.78 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0346  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.9 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.670889  normal  0.611429 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0514  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.66 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0347  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.9 
 
 		 111 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418659  normal  0.928034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4883  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.9 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.437416 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3446  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32 
 
 		 87 aa  44.3  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.972613  normal  0.507258 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3659  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.52 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1142  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32.5 
 
 		 91 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.432537 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0592  sarcosine oxidase delta subunit family protein  41.18 
 
 		 100 aa  43.9  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1578  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  33.78 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2185  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  34.52 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7232  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  31.08 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393713  normal  0.0417746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4047  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.71 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0944  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32.53 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2265  putative sarcosine oxidase  32.88 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.437713 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3357  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.52 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2146  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.78 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5634  sarcosine oxidase, delta subunit family  31.08 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4033  sarcosine oxidase, delta subunit  37.04 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2479  sarcosine oxidase, delta subunit  37.04 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3288  sarcosine oxidase delta subunit family protein  32.43 
 
 		 92 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.803176 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3376  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  30 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2751  sarcosine oxidase delta subunit family protein  34.04 
 
 		 113 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2688  putative sarcosine oxidase delta subunit protein  33.33 
 
 		 107 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334948  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1346  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.33 
 
 		 107 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.801714  normal  0.0204443 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1875  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.33 
 
 		 107 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.211862  normal  0.88306 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>