83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1142 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1142  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  100 
 
 		 91 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.432537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1948  sarcosine oxidase, delta subunit  62.22 
 
 		 87 aa  117  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.593467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1653  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  65.85 
 
 		 95 aa  110  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4701  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  63.53 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.63814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1935  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  63.33 
 
 		 95 aa  107  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1578  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  65.85 
 
 		 95 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2637  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  52.22 
 
 		 95 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2365  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  56.32 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2265  putative sarcosine oxidase  53.85 
 
 		 87 aa  92.8  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.437713 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2146  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  56.47 
 
 		 92 aa  92  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4908  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  60.47 
 
 		 104 aa  87.8  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.269045 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7232  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  52.38 
 
 		 93 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393713  normal  0.0417746 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5634  sarcosine oxidase, delta subunit family  51.19 
 
 		 93 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3376  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  50.59 
 
 		 98 aa  85.1  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3446  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  45.98 
 
 		 87 aa  79  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.972613  normal  0.507258 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3288  sarcosine oxidase delta subunit family protein  49.35 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.803176 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5745  sarcosine oxidase delta subunit  48.05 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.576459  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1861  sarcosine oxidase, delta subunit  45.57 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1953  sarcosine oxidase delta subunit  45.57 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3857  sarcosine oxidase delta subunit family protein  43.18 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.024092  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0394  sarcosine oxidase, delta chain  44.3 
 
 		 97 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0997  sarcosine oxidase delta subunit (sarcosine oxidasesubunit D)  43.04 
 
 		 97 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.97807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71490  sarcosine oxidase delta subunit  40.86 
 
 		 106 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1102  sarcosine oxidase subunit delta  43.04 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0459  sarcosine oxidase, delta subunit  41.76 
 
 		 98 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1599  SoxD  41.77 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6205  sarcosine oxidase delta subunit  39.78 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5049  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  40.26 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43634  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5206  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  41.3 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3505  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  37.97 
 
 		 99 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4130  sarcosine oxidase delta subunit family protein  37.63 
 
 		 108 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4545  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.26 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4714  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.66 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5068  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  40.26 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3332  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  39.24 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.508488 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4829  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.51 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4883  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.56 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.437416 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3217  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.71 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00204366  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5129  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  36.71 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  0.549971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5150  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.71 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0487  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  37.97 
 
 		 99 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0324  sarcosine oxidase, delta subunit family  39.56 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.434954  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0347  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.56 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418659  normal  0.928034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0346  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.56 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.670889  normal  0.611429 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0047  sarcosine oxidase subunit delta  40 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18820  sarcosine oxidase, delta subunit family, heterotetrameric form  39.51 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0944  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  39.02 
 
 		 98 aa  61.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3703  sarcosine oxidase delta subunit family protein  37.8 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2759  sarcosine oxidase delta subunit family protein  34.41 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0999  sarcosine oxidase delta subunit family protein  40.22 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2882  sarcosine oxidase, delta subunit family  40 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.245307  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3594  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.15 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4047  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  37.97 
 
 		 117 aa  57.4  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803073  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2479  sarcosine oxidase, delta subunit  35.87 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4033  sarcosine oxidase, delta subunit  35.87 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0993  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  39.74 
 
 		 84 aa  52.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.706743  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5915  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  34.88 
 
 		 85 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0868  sarcosine oxidase delta subunit family protein  37.04 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3992  sarcosine oxidase, delta subunit family  33.73 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0970  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  34.18 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0514  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32.1 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3392  sarcosine oxidase, delta subunit family  34.07 
 
 		 98 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0969492  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4032  sarcosine oxidase, delta subunit family  30.77 
 
 		 98 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.110857 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1695  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  37.65 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8585  sarcosine oxidase, delta subunit family  35.16 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0453  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  34.88 
 
 		 86 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000175781  normal  0.381064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2486  sarcosine oxidase delta subunit family protein  32.22 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3473  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  34.62 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3737  sarcosine oxidase delta subunit family protein  29.67 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.573954  normal  0.413879 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1346  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32.1 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.801714  normal  0.0204443 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2688  putative sarcosine oxidase delta subunit protein  32.1 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334948  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1875  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32.91 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.211862  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2185  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  30.86 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3357  sarcosine oxidase, delta subunit family  36.26 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0223  sarcosine oxidase, delta subunit  32.58 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.835097  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2103  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  32.5 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658737 
 
 
-
 
NC_004310  BR0230  sarcosine oxidase, delta subunit  32.58 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0302  sarcosine oxidase delta subunit family protein  31.46 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499086  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2451  sarcosine oxidase, delta subunit  32.05 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164476  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3659  sarcosine oxidase, delta subunit family  33.33 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2751  sarcosine oxidase delta subunit family protein  34.44 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0592  sarcosine oxidase delta subunit family protein  30.86 
 
 		 100 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3776  sarcosine oxidase delta subunit  33.33 
 
 		 106 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>