84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4883 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4883  sarcosine oxidase delta subunit family protein  100 
 
 
111 aa  237  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.437416 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0347  sarcosine oxidase delta subunit family protein  95.5 
 
 
111 aa  229  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418659  normal  0.928034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0324  sarcosine oxidase, delta subunit family  95.5 
 
 
111 aa  228  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.434954  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0346  sarcosine oxidase delta subunit family protein  95.5 
 
 
111 aa  228  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.670889  normal  0.611429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5206  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  93.33 
 
 
109 aa  187  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4130  sarcosine oxidase delta subunit family protein  88.04 
 
 
108 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324326  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6205  sarcosine oxidase delta subunit  83 
 
 
106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71490  sarcosine oxidase delta subunit  82 
 
 
106 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.752855  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0459  sarcosine oxidase, delta subunit  80.61 
 
 
98 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4714  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  80.41 
 
 
98 aa  175  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2759  sarcosine oxidase delta subunit family protein  71.72 
 
 
99 aa  165  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0999  sarcosine oxidase delta subunit family protein  74.19 
 
 
130 aa  150  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2479  sarcosine oxidase, delta subunit  68.09 
 
 
99 aa  134  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4033  sarcosine oxidase, delta subunit  68.09 
 
 
99 aa  134  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3392  sarcosine oxidase, delta subunit family  58.7 
 
 
98 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0969492  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3659  sarcosine oxidase, delta subunit family  53.06 
 
 
113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3857  sarcosine oxidase delta subunit family protein  55.43 
 
 
92 aa  108  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.024092  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1599  SoxD  45.76 
 
 
120 aa  107  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245125  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3357  sarcosine oxidase, delta subunit family  49.04 
 
 
113 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346352  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3332  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  50.51 
 
 
99 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.508488 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8585  sarcosine oxidase, delta subunit family  53.19 
 
 
100 aa  106  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3703  sarcosine oxidase delta subunit family protein  46.02 
 
 
145 aa  106  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3594  sarcosine oxidase, delta subunit family  46.02 
 
 
136 aa  104  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0302  sarcosine oxidase delta subunit family protein  51.72 
 
 
101 aa  103  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499086  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4032  sarcosine oxidase, delta subunit family  52.81 
 
 
98 aa  103  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.110857 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0223  sarcosine oxidase, delta subunit  53.33 
 
 
101 aa  103  8e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.835097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0230  sarcosine oxidase, delta subunit  53.33 
 
 
101 aa  103  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5049  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  43.64 
 
 
112 aa  103  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43634  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0047  sarcosine oxidase subunit delta  51.04 
 
 
107 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3776  sarcosine oxidase delta subunit  53.19 
 
 
106 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3992  sarcosine oxidase, delta subunit family  50 
 
 
114 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3737  sarcosine oxidase delta subunit family protein  51.69 
 
 
98 aa  100  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.573954  normal  0.413879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2116  putative sarcosine oxidase  51.72 
 
 
99 aa  100  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4047  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  48.28 
 
 
117 aa  98.6  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803073  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18820  sarcosine oxidase, delta subunit family, heterotetrameric form  53.19 
 
 
101 aa  99  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2751  sarcosine oxidase delta subunit family protein  45.79 
 
 
113 aa  98.6  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0997  sarcosine oxidase delta subunit (sarcosine oxidasesubunit D)  58.23 
 
 
97 aa  98.2  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.97807  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4829  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  51 
 
 
98 aa  97.4  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0592  sarcosine oxidase delta subunit family protein  45.45 
 
 
100 aa  97.1  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0394  sarcosine oxidase, delta chain  58.23 
 
 
97 aa  97.1  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3505  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  53.49 
 
 
99 aa  97.1  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2882  sarcosine oxidase, delta subunit family  48.57 
 
 
104 aa  95.9  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.245307  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5150  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  52.33 
 
 
99 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5129  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  52.33 
 
 
99 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  0.549971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3217  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  52.33 
 
 
99 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00204366  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0868  sarcosine oxidase delta subunit family protein  46.94 
 
 
97 aa  94.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0487  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  51.16 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1953  sarcosine oxidase delta subunit  56.41 
 
 
96 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1861  sarcosine oxidase, delta subunit  56.41 
 
 
96 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762279  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4545  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  54.43 
 
 
103 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5068  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  54.43 
 
 
103 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344963  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1102  sarcosine oxidase subunit delta  54.43 
 
 
98 aa  92.8  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0944  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  50.57 
 
 
98 aa  89  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568646  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2486  sarcosine oxidase delta subunit family protein  53.33 
 
 
98 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5634  sarcosine oxidase, delta subunit family  51.32 
 
 
93 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0970  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.39 
 
 
110 aa  76.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0993  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  46.84 
 
 
84 aa  74.7  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.706743  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0514  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.48 
 
 
126 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2185  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  37.86 
 
 
107 aa  73.9  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5745  sarcosine oxidase delta subunit  44.44 
 
 
90 aa  73.9  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.576459  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7232  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  48.68 
 
 
93 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393713  normal  0.0417746 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2688  putative sarcosine oxidase delta subunit protein  42.17 
 
 
107 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334948  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1875  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.17 
 
 
107 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.211862  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1346  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.17 
 
 
107 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.801714  normal  0.0204443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3288  sarcosine oxidase delta subunit family protein  44.16 
 
 
92 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.803176 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1578  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  47.44 
 
 
95 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940084  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4701  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  48.1 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.63814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1935  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  46.25 
 
 
95 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1653  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  46.15 
 
 
95 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1142  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  39.56 
 
 
91 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.432537 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2146  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  35.05 
 
 
92 aa  62  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2365  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  39.74 
 
 
97 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1948  sarcosine oxidase, delta subunit  40.51 
 
 
87 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.593467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2637  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  41.86 
 
 
95 aa  55.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4908  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.51 
 
 
104 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.269045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3446  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.51 
 
 
87 aa  55.5  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.972613  normal  0.507258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2265  putative sarcosine oxidase  35.63 
 
 
87 aa  52.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.437713 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3376  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  41.18 
 
 
98 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1695  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  35.42 
 
 
91 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3473  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  39.74 
 
 
100 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2103  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  36.9 
 
 
101 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.658737 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5915  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  33.33 
 
 
85 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0453  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  32.22 
 
 
86 aa  42  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000175781  normal  0.381064 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2451  sarcosine oxidase, delta subunit  33.33 
 
 
101 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164476  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>