87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1106A_A1861 on replicon NC_009078
Organism: Burkholderia pseudomallei 1106a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A1953  sarcosine oxidase delta subunit  100 
 
 
96 aa  204  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1861  sarcosine oxidase, delta subunit  100 
 
 
96 aa  204  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762279  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0394  sarcosine oxidase, delta chain  98.96 
 
 
97 aa  203  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0997  sarcosine oxidase delta subunit (sarcosine oxidasesubunit D)  92.71 
 
 
97 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.97807  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1599  SoxD  87.21 
 
 
120 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245125  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5049  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  86.05 
 
 
112 aa  169  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43634  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3332  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  81.11 
 
 
99 aa  166  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.508488 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4829  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  75 
 
 
98 aa  161  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1102  sarcosine oxidase subunit delta  76.67 
 
 
98 aa  157  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0487  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  70.97 
 
 
99 aa  152  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0047  sarcosine oxidase subunit delta  79.52 
 
 
107 aa  150  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3217  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  68.82 
 
 
99 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00204366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5150  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  68.82 
 
 
99 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5129  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  68.82 
 
 
99 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  0.549971 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3505  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  68.82 
 
 
99 aa  148  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5068  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  74.7 
 
 
103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344963  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4545  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  74.7 
 
 
103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18820  sarcosine oxidase, delta subunit family, heterotetrameric form  56.47 
 
 
101 aa  107  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0868  sarcosine oxidase delta subunit family protein  52.33 
 
 
97 aa  103  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3594  sarcosine oxidase, delta subunit family  50 
 
 
136 aa  101  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3392  sarcosine oxidase, delta subunit family  53.41 
 
 
98 aa  100  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0969492  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3857  sarcosine oxidase delta subunit family protein  55.7 
 
 
92 aa  99.4  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.024092  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3703  sarcosine oxidase delta subunit family protein  46.51 
 
 
145 aa  97.4  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3992  sarcosine oxidase, delta subunit family  51.95 
 
 
114 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4130  sarcosine oxidase delta subunit family protein  49 
 
 
108 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324326  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2882  sarcosine oxidase, delta subunit family  55.84 
 
 
104 aa  95.9  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.245307  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0944  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  50.63 
 
 
98 aa  95.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568646  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4032  sarcosine oxidase, delta subunit family  51.95 
 
 
98 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.110857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0346  sarcosine oxidase delta subunit family protein  56.41 
 
 
111 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.670889  normal  0.611429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4883  sarcosine oxidase delta subunit family protein  56.41 
 
 
111 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.437416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0324  sarcosine oxidase, delta subunit family  56.41 
 
 
111 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.434954  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0347  sarcosine oxidase delta subunit family protein  56.41 
 
 
111 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418659  normal  0.928034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5206  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  52.33 
 
 
109 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2479  sarcosine oxidase, delta subunit  47.37 
 
 
99 aa  93.2  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6205  sarcosine oxidase delta subunit  55.13 
 
 
106 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4033  sarcosine oxidase, delta subunit  47.37 
 
 
99 aa  93.2  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71490  sarcosine oxidase delta subunit  55.13 
 
 
106 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.752855  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8585  sarcosine oxidase, delta subunit family  49.47 
 
 
100 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3737  sarcosine oxidase delta subunit family protein  50.65 
 
 
98 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.573954  normal  0.413879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4714  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  50 
 
 
98 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0223  sarcosine oxidase, delta subunit  51.72 
 
 
101 aa  90.1  9e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.835097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0230  sarcosine oxidase, delta subunit  51.72 
 
 
101 aa  90.1  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0459  sarcosine oxidase, delta subunit  52.56 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0302  sarcosine oxidase delta subunit family protein  50.57 
 
 
101 aa  88.6  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499086  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2759  sarcosine oxidase delta subunit family protein  50.65 
 
 
99 aa  88.6  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5634  sarcosine oxidase, delta subunit family  52.56 
 
 
93 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0999  sarcosine oxidase delta subunit family protein  55.26 
 
 
130 aa  86.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7232  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  48.72 
 
 
93 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393713  normal  0.0417746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4047  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  49.41 
 
 
117 aa  84.7  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803073  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2486  sarcosine oxidase delta subunit family protein  52.27 
 
 
98 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2116  putative sarcosine oxidase  50 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0592  sarcosine oxidase delta subunit family protein  44.83 
 
 
100 aa  80.1  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5745  sarcosine oxidase delta subunit  51.28 
 
 
90 aa  79  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.576459  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3659  sarcosine oxidase, delta subunit family  45.98 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2637  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  48.15 
 
 
95 aa  78.6  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2751  sarcosine oxidase delta subunit family protein  43.68 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3357  sarcosine oxidase, delta subunit family  44.83 
 
 
113 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346352  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3776  sarcosine oxidase delta subunit  46.15 
 
 
106 aa  77  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3288  sarcosine oxidase delta subunit family protein  49.35 
 
 
92 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.803176 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0993  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  45.95 
 
 
84 aa  74.7  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.706743  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0970  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  44.21 
 
 
110 aa  73.2  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1935  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  45.68 
 
 
95 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1142  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  45.57 
 
 
91 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.432537 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2365  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  42.31 
 
 
97 aa  72  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3376  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  43.9 
 
 
98 aa  71.6  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1578  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  45.68 
 
 
95 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940084  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1653  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  45.68 
 
 
95 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0514  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  43.82 
 
 
126 aa  70.9  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2688  putative sarcosine oxidase delta subunit protein  45 
 
 
107 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334948  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1346  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  45 
 
 
107 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.801714  normal  0.0204443 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1875  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  45 
 
 
107 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.211862  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1948  sarcosine oxidase, delta subunit  43.04 
 
 
87 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.593467 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2185  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42 
 
 
107 aa  67.8  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4908  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.68 
 
 
104 aa  65.5  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.269045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3446  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  43.21 
 
 
87 aa  65.1  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.972613  normal  0.507258 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4701  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  39.24 
 
 
90 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.63814 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3473  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  47.95 
 
 
100 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2146  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  38.96 
 
 
92 aa  61.2  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2451  sarcosine oxidase, delta subunit  40.45 
 
 
101 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164476  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1695  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  42.11 
 
 
91 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2223  sarcosine oxidase, delta subunit  43.66 
 
 
101 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.075744  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2103  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  43.84 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.658737 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2495  sarcosine oxidase subunit D  40 
 
 
88 aa  56.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403118  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2265  putative sarcosine oxidase  39.74 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.437713 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5915  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  43.06 
 
 
85 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0453  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  41.1 
 
 
86 aa  50.4  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000175781  normal  0.381064 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1350  sarcosine oxidase subunit D  36.99 
 
 
89 aa  48.9  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000302507  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>