232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0007 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0731  tRNA-Tyr  94 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  91.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  93.88 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  88 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  90.74 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  85.33 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0047  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000031585  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  85.33 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0008  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355435  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0003  tRNA-Tyr  97.06 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0002  tRNA-Tyr  97.06 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0046  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0016  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0163881 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0073  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.665729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000675719  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  84.51 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  84.51 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  84 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  84.51 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  84.51 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  87.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>