99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0021 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  98.8 
 
 		 83 bp  157  5.0000000000000005e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  97.59 
 
 		 83 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  97.59 
 
 		 83 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 82 bp  109  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 82 bp  109  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 82 bp  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 82 bp  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0019  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 84 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.164183  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0073  tRNA-Tyr  92.96 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.665729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0003  tRNA-Tyr  90.14 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0002  tRNA-Tyr  90.14 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA36  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.881031  normal  0.0480599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0027  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190933  normal  0.0646404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0041    88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0056  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0042  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0039  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  92.45 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0053  tRNA-Tyr  86.9 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122599  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  88 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  93.88 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.07 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0033  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392734 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  97.44 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 82 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNATyrVIMSS1309298  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0675624 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNATyrVIMSS1309353  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 82 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0022  tRNA-Tyr  92.86 
 
 		 82 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0313146  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0036  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45022  normal  0.113165 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0068  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0008  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355435  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  84.42 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17640  tRNA-Tyr  89.8 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.193498  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  87.76 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0048  tRNA-Tyr  86.79 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0047  tRNA-Tyr  86.79 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000031585  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  93.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  93.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 81 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21440  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000199792  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_714  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0692708  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0030  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  87.04 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0022  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.275054  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  87.04 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>