265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0007 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 83 bp  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  91.18 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  88 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  90.74 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0731  tRNA-Tyr  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  89.83 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000675719  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  85.33 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  85.33 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  85.33 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  89.66 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>