224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0008 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0008  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355435  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 82 bp  89.7  9e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17640  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.193498  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0024  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0026  tRNA-Tyr  91.49 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  86.44 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  86.57 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  86.57 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>