243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0017 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  89.33 
 
 		 84 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  86.9 
 
 		 84 bp  79.8  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  88 
 
 		 84 bp  77.8  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  92.59 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000444451  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0014  tRNA-Tyr  92.59 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.673141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0051  tRNA-Tyr  90.74 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0016  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0163881 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0076  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.522662  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0063  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0069349  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  86.84 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0151  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000678827  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0011  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0062  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0012  tRNA-Tyr  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000365391  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  86.84 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>