More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0021 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  98.78 
 
 
82 bp  155  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  91.3 
 
 
85 bp  89.7  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  89.33 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0024  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  89.04 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  88.73 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  88.57 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  90 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  87.18 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  95.56 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  89.06 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
81 bp  69.9  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
81 bp  69.9  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
84 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
88 bp  69.9  0.00000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>