More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0488 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0488  ribosomal protein L24  100 
 
 		 118 aa  238  2.9999999999999997e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.950814  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2449  50S ribosomal protein L24  50.96 
 
 		 108 aa  95.1  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0090  50S ribosomal protein L24  47.62 
 
 		 107 aa  92.8  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0661954 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0712  ribosomal protein L24  45.19 
 
 		 109 aa  92  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000697674  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2914  50S ribosomal protein L24  45.22 
 
 		 116 aa  92.4  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1754  50S ribosomal protein L24  44.23 
 
 		 107 aa  91.7  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277856  normal  0.617775 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2322  ribosomal protein L24  48.11 
 
 		 103 aa  90.9  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000374748  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0226  50S ribosomal protein L24  44.23 
 
 		 106 aa  90.5  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000370602  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0236  ribosomal protein L24  48.08 
 
 		 106 aa  90.5  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1513  ribosomal protein L24  46.23 
 
 		 107 aa  90.5  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.523195  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2763  50S ribosomal protein L24  41.35 
 
 		 109 aa  88.2  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154774  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0964  50S ribosomal protein L24  46.6 
 
 		 106 aa  88.2  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0198062  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1383  50S ribosomal protein L24  46.15 
 
 		 105 aa  87.8  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000287924  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1303  50S ribosomal protein L24  46.15 
 
 		 105 aa  87.8  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000135301  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2246  50S ribosomal protein L24  45.19 
 
 		 107 aa  87.4  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00124934  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0297  50S ribosomal protein L24  44.23 
 
 		 106 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000232797  normal  0.0989855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  49.51 
 
 		 105 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1734  50S ribosomal protein L24  47.66 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000298754  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1566  ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 109 aa  85.5  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0671  50S ribosomal protein L24  45.63 
 
 		 110 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.367854  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01280  ribosomal protein L24  45.19 
 
 		 104 aa  84.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.67287  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0485  50S ribosomal protein L24  45.71 
 
 		 103 aa  84  6e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0200384  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2054  50S ribosomal protein L24  41.75 
 
 		 107 aa  83.6  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00180393  normal  0.0527176 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_428  ribosomal protein L24  43.27 
 
 		 103 aa  83.6  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282756  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0462  50S ribosomal protein L24  43.27 
 
 		 103 aa  83.6  8e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781328  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2468  50S ribosomal protein L24  47.57 
 
 		 104 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2190  50S ribosomal protein L24  47.57 
 
 		 104 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0769  50S ribosomal protein L24  42.59 
 
 		 116 aa  82.8  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000440948  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0992  50S ribosomal protein L24  45.19 
 
 		 105 aa  80.1  0.000000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.370569  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0726  ribosomal protein L24  43.27 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1357  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 108 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00374615  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3327  50S ribosomal protein L24  50.52 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000922916  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1173  ribosomal protein L24  49 
 
 		 107 aa  79  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0344247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2703  50S ribosomal protein L24  43.27 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1077  50S ribosomal protein L24  42.57 
 
 		 109 aa  79  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00115377  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0944  50S ribosomal protein L24  44.76 
 
 		 108 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0101815  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3317  50S ribosomal protein L24  44.76 
 
 		 108 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000779299 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3938  50S ribosomal protein L24  45.63 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0637  50S ribosomal protein L24  42.86 
 
 		 108 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000169052  hitchhiker  0.0000000115674 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2388  50S ribosomal protein L24  42.31 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0878  50S ribosomal protein L24  39.42 
 
 		 107 aa  77.4  0.00000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0510214  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0433  50S ribosomal protein L24  42.31 
 
 		 112 aa  77  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268468  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0205  LSU ribosomal protein L24P  41.35 
 
 		 107 aa  76.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0945918  normal  0.325859 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2700  50S ribosomal protein L24  42 
 
 		 106 aa  76.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2207  50S ribosomal protein L24  43.69 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.848645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1919  50S ribosomal protein L24  42.42 
 
 		 105 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.800609  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0331  50S ribosomal protein L24  39.81 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000249202  hitchhiker  0.00112167 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0384  50S ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000110242  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1127  50S ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0371151  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2153  50S ribosomal protein L24  43.69 
 
 		 104 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0719  50S ribosomal protein L24  42.16 
 
 		 108 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172071  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0392  50S ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  45.36 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.227235 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0779  ribosomal protein L24  41.41 
 
 		 106 aa  75.1  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0486  50S ribosomal protein L24  41.24 
 
 		 106 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000769902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2846  50S ribosomal protein L24  44.55 
 
 		 108 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0782978  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3656  50S ribosomal protein L24  41.75 
 
 		 104 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2608  50S ribosomal protein L24  40 
 
 		 109 aa  73.9  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000338096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0691  50S ribosomal protein L24  37.86 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0612  50S ribosomal protein L24  39.81 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00279937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4787  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 105 aa  73.6  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000760345  unclonable  0.000000000281859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3173  50S ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 104 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.926144 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1935  50S ribosomal protein L24  44.23 
 
 		 106 aa  72.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1033  50S ribosomal protein L24  37.86 
 
 		 106 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000385068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2896  ribosomal protein L24  40.38 
 
 		 113 aa  72.4  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1843  50S ribosomal protein L24  41.9 
 
 		 107 aa  72.4  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0569  50S ribosomal protein L24  42.42 
 
 		 105 aa  72.4  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0348  50S ribosomal protein L24  41.9 
 
 		 107 aa  72.4  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000772359  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1626  ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 112 aa  72.4  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0709  50S ribosomal protein L24  41.41 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000657544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2306  50S ribosomal protein L24  41.75 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0131397  normal  0.106944 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2977  50S ribosomal protein L24  44.33 
 
 		 106 aa  71.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5059  50S ribosomal protein L24  41.75 
 
 		 104 aa  72  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944884  normal  0.752652 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6038  50S ribosomal protein L24  39.62 
 
 		 108 aa  71.6  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.128427 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0677  50S ribosomal protein L24  41.41 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000108454  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0593  50S ribosomal protein L24  38.68 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4232  50S ribosomal protein L24  39.05 
 
 		 106 aa  70.9  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000941051  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3437  50S ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 104 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.372971  normal  0.502362 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0469  50S ribosomal protein L24  39.42 
 
 		 106 aa  70.1  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1927  50S ribosomal protein L24  38.46 
 
 		 106 aa  70.1  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2635  50S ribosomal protein L24  39.42 
 
 		 101 aa  69.7  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.253933  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1375  50S ribosomal protein L24  41.75 
 
 		 104 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0306  ribosomal protein L24  40.78 
 
 		 104 aa  70.1  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0004461  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04090  50S ribosomal protein L24  38.68 
 
 		 104 aa  70.1  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0334  50S ribosomal protein L24  43.69 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000849803  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03160  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3503  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000502759  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  39.81 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3694  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000331178  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0330  50S ribosomal protein L24  44.33 
 
 		 106 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  0.0000000479114 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3796  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4632  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000390519  normal  0.45352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0416  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000325696  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3698  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000743122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3625  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301612  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3625  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00533524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3604  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000161475  normal  0.0245278 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0404  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000000839278  hitchhiker  0.0000141467 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3733  50S ribosomal protein L24  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.012207  normal  0.015742 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03111  hypothetical protein  42.72 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000161136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>