299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0040 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 80 bp  159  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.850401 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0051  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt14  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.211002 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0017  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.344367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309184  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.273312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>