101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0737 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0737  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
137 aa  288  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.874476  normal  0.0395999 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.07 
 
 
134 aa  123  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0248  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.52 
 
 
134 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286799  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2724  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.28 
 
 
134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0219  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.78 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.655327  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2193  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.27 
 
 
149 aa  105  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1550  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.21 
 
 
140 aa  100  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0199849 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1372  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.42 
 
 
133 aa  97.8  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636035  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.01 
 
 
149 aa  97.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0947549 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0635  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.66 
 
 
115 aa  67  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379764  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2692  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.97 
 
 
156 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2716  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
115 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3356  hypothetical protein  34.07 
 
 
129 aa  61.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217164  normal  0.0851639 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
115 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2663  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
115 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692714  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5543  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.88 
 
 
117 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4549  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
118 aa  60.1  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357845  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5991  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.04 
 
 
115 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2588  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.45 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1704  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.82 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4074  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.77 
 
 
115 aa  57.4  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2164  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.58 
 
 
119 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3297  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
122 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2565  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.46 
 
 
119 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
115 aa  54.7  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2253  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.5 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.233801  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4402  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.67 
 
 
119 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.302745  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1607  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.71 
 
 
123 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3564  hypothetical protein  34.83 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.97 
 
 
123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2003  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.88 
 
 
141 aa  52  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3804  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.96 
 
 
131 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3856  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.96 
 
 
131 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.850718  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43250  hypothetical protein  30.83 
 
 
115 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.708764 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.44 
 
 
123 aa  50.4  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5355  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.2 
 
 
115 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.922702  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4837  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.04 
 
 
124 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.67 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2056  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
116 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.240914  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3500  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.95 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3374  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.77 
 
 
122 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0419  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.33 
 
 
132 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.820444  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.69 
 
 
115 aa  48.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107279  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2699  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
115 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176555  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2158  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.73 
 
 
116 aa  47  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0585647  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.65 
 
 
161 aa  47  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.19 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5105  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
162 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.113344  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
139 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  0.000000225635 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2957  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.17 
 
 
115 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.383141  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
132 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.84 
 
 
137 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1238  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.97 
 
 
118 aa  45.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.117869 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.63 
 
 
161 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  35.37 
 
 
129 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3630  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
115 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.71 
 
 
123 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  29.41 
 
 
126 aa  45.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3305  hypothetical protein  28.57 
 
 
115 aa  44.3  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0278022  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2384  hypothetical protein  31.93 
 
 
212 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.5 
 
 
123 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1442  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.36 
 
 
131 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0919  hypothetical protein  31.93 
 
 
207 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.23 
 
 
131 aa  44.3  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
143 aa  44.3  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0753  hypothetical protein  31.93 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222044  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0256  hypothetical protein  31.93 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920993  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2693  hypothetical protein  31.93 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2465  hypothetical protein  31.93 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1191  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.36 
 
 
123 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.928225  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.36 
 
 
145 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.857324 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  31.69 
 
 
137 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  37.08 
 
 
131 aa  42.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1573  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.05 
 
 
138 aa  43.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.112624  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0741  hypothetical protein  33.33 
 
 
115 aa  42.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.22 
 
 
144 aa  43.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.198045  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2117  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.53 
 
 
141 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0449559  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
143 aa  43.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03740  hypothetical protein  37.5 
 
 
130 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183645  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2604  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.46 
 
 
144 aa  42.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2417  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.57 
 
 
115 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.76 
 
 
137 aa  42.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2138  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.1 
 
 
141 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  27.62 
 
 
164 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1578  hypothetical protein  33.96 
 
 
170 aa  42  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418396  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1425  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.51 
 
 
139 aa  42  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.324597  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.17 
 
 
162 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  32.14 
 
 
131 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2807  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.03 
 
 
116 aa  41.2  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.72 
 
 
164 aa  41.6  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.72 
 
 
163 aa  41.2  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2892  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.61 
 
 
141 aa  41.2  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.92 
 
 
133 aa  41.2  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.55 
 
 
158 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5046  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.71 
 
 
124 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3574  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.71 
 
 
136 aa  40.8  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.25 
 
 
166 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.65 
 
 
123 aa  40.8  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0067  hypothetical protein  25.45 
 
 
138 aa  40.4  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.610268  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0648  hypothetical protein  38.46 
 
 
151 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>