189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0067 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0067  hypothetical protein  100 
 
 
138 aa  286  5.0000000000000004e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.610268  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
142 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
153 aa  72.4  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.03 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0373  hypothetical protein  29.46 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.752552  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.76 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.54 
 
 
137 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1286  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.01 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.792681  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06309  hypothetical protein  33.61 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  28.23 
 
 
141 aa  63.9  0.0000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  26.27 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.2 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.44 
 
 
137 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5412  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.33 
 
 
125 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162493 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001426  hypothetical protein  32.79 
 
 
133 aa  62  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00259614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.23 
 
 
133 aa  62  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.78 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
133 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0854  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.01 
 
 
135 aa  61.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.69 
 
 
136 aa  60.8  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  33.04 
 
 
115 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.32 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
136 aa  60.5  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7106  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.3 
 
 
125 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.221304 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.93 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.69 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.62 
 
 
161 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  28.78 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  29.23 
 
 
148 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1573  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.07 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.112624  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  26.15 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  27.48 
 
 
129 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.34 
 
 
154 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.76 
 
 
139 aa  56.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.07 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.07 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1429  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  23.57 
 
 
138 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.165331  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.53 
 
 
154 aa  55.5  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.2 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1578  hypothetical protein  27.35 
 
 
170 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418396  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  28.68 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1514  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.91 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.87 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.61 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
138 aa  54.7  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.39 
 
 
162 aa  54.7  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.17 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  23.74 
 
 
175 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
135 aa  54.3  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.69 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5167  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
129 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.578961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.98 
 
 
154 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.56 
 
 
154 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0691  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.78 
 
 
164 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.979336  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
136 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25 
 
 
132 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.58 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
213 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  23.39 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.09 
 
 
138 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.97 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.97 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.98 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.97 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1700  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.95 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25 
 
 
137 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.83 
 
 
162 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25 
 
 
158 aa  51.6  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.32 
 
 
131 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  20.93 
 
 
142 aa  51.2  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  25.78 
 
 
133 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.06 
 
 
131 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25 
 
 
154 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.69 
 
 
136 aa  50.8  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  25.2 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.41 
 
 
163 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.92 
 
 
161 aa  50.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.19 
 
 
175 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0706653  normal  0.116642 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6124  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.76 
 
 
138 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430831  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.83 
 
 
162 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  23.66 
 
 
153 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.83 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.87 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.66 
 
 
156 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.594391 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07594  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G15290)  30.23 
 
 
136 aa  48.5  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.651423 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2104  hypothetical protein  22.66 
 
 
156 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.19996  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6382  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.95 
 
 
150 aa  48.5  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  28.93 
 
 
136 aa  48.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.56 
 
 
135 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.54 
 
 
147 aa  48.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.62 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  23.77 
 
 
164 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  22.95 
 
 
164 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.56 
 
 
131 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25 
 
 
144 aa  47.8  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.198045  normal  0.396382 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>