34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1747 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1747  30S ribosomal protein S4e  100 
 
 		 237 aa  474  1e-133  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.015598 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1730  30S ribosomal protein S4e  78.48 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.84836  decreased coverage  0.000360603 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0560  30S ribosomal protein S4e  77.22 
 
 		 238 aa  390  1e-108  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00212032 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1550  30S ribosomal protein S4e  76.37 
 
 		 238 aa  384  1e-106  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.199736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1832  30S ribosomal protein S4e  45.99 
 
 		 237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0243  30S ribosomal protein S4e  41.49 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1766  Ribosomal protein S4E, central domain protein  37.76 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0656  30S ribosomal protein S4e  38.91 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0055669  decreased coverage  0.0000746935 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0167  30S ribosomal protein S4e  38.91 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0000856142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1262  30S ribosomal protein S4e  38.08 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00343319  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0722  30S ribosomal protein S4e  39.67 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0126662  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1716  30S ribosomal protein S4e  37.45 
 
 		 233 aa  151  8e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.028053  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0098  30S ribosomal protein S4e  33.9 
 
 		 235 aa  144  9e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00334877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1509  Ribosomal protein S4E, central domain protein  38.03 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  7.86693e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0103  30S ribosomal protein S4e  37.04 
 
 		 241 aa  138  7e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000000259785  unclonable  0.000000558992 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0798  30S ribosomal protein S4e  36.29 
 
 		 238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.287275 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0013  30S ribosomal protein S4e  33.91 
 
 		 236 aa  132  6e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000026774  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1396  30S ribosomal protein S4e  37.04 
 
 		 244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0222  Ribosomal protein S4E, central domain protein  32.44 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2230  Ribosomal protein S4E, central domain protein  34.22 
 
 		 233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2437  30S ribosomal protein S4e  31.11 
 
 		 240 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06200  conserved hypothetical protein  39.47 
 
 		 263 aa  120  9.999999999999999e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34143  ribosomal protein S4  38.42 
 
 		 262 aa  115  8.999999999999998e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79556  predicted protein  37.89 
 
 		 262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.116079 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18526  Ribosomal protein S4, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  35.26 
 
 		 253 aa  112  5e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0163807  normal  0.488363 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2304  30S ribosomal protein S4e  30.97 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2241  30S ribosomal protein S4e  30.25 
 
 		 241 aa  111  9e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000000731595  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17324  predicted protein  32.75 
 
 		 261 aa  108  5e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1840  Ribosomal protein S4E, central domain protein  29.22 
 
 		 265 aa  105  5e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04794  40S ribosomal protein S4, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06840)  35.79 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0454  30S ribosomal protein S4e  28.33 
 
 		 241 aa  95.1  8e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0061334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0544  30S ribosomal protein S4e  29.49 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.211539  normal  0.284523 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0576  30S ribosomal protein S4e  27.59 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.255322  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0093  30S ribosomal protein S4e  24.69 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.507041 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>