34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_0093 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_0093  30S ribosomal protein S4e  100 
 
 
239 aa  494  1e-139  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.507041 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0576  30S ribosomal protein S4e  50.22 
 
 
242 aa  248  8e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.255322  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0454  30S ribosomal protein S4e  48.09 
 
 
241 aa  243  3e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0061334  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0544  30S ribosomal protein S4e  44.68 
 
 
241 aa  237  1e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.211539  normal  0.284523 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2241  30S ribosomal protein S4e  43.83 
 
 
241 aa  220  9.999999999999999e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000000731595  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1716  30S ribosomal protein S4e  38.57 
 
 
233 aa  167  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.028053  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0098  30S ribosomal protein S4e  36.29 
 
 
235 aa  160  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00334877  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0222  Ribosomal protein S4E, central domain protein  37.5 
 
 
235 aa  151  1e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0013  30S ribosomal protein S4e  35.37 
 
 
236 aa  142  5e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000026774  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2437  30S ribosomal protein S4e  33.33 
 
 
240 aa  137  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2230  Ribosomal protein S4E, central domain protein  32.74 
 
 
233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1509  Ribosomal protein S4E, central domain protein  35.4 
 
 
236 aa  135  7.000000000000001e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  7.86693e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1840  Ribosomal protein S4E, central domain protein  31.08 
 
 
265 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2304  30S ribosomal protein S4e  33.77 
 
 
286 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0167  30S ribosomal protein S4e  32.64 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0000856142  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0722  30S ribosomal protein S4e  33.47 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0126662  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1262  30S ribosomal protein S4e  32.64 
 
 
244 aa  129  3e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00343319  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0656  30S ribosomal protein S4e  32.22 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0055669  decreased coverage  0.0000746935 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0243  30S ribosomal protein S4e  32.08 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1396  30S ribosomal protein S4e  34.48 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0103  30S ribosomal protein S4e  32.49 
 
 
241 aa  107  2e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000000259785  unclonable  0.000000558992 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0560  30S ribosomal protein S4e  28.45 
 
 
238 aa  102  6e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00212032 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1766  Ribosomal protein S4E, central domain protein  28.69 
 
 
239 aa  100  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1730  30S ribosomal protein S4e  27.12 
 
 
238 aa  95.1  8e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.84836  decreased coverage  0.000360603 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1832  30S ribosomal protein S4e  24.47 
 
 
237 aa  94  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18526  Ribosomal protein S4, component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit  29.52 
 
 
253 aa  92.4  6e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0163807  normal  0.488363 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1550  30S ribosomal protein S4e  25.1 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.199736  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17324  predicted protein  27.11 
 
 
261 aa  90.1  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34143  ribosomal protein S4  27.04 
 
 
262 aa  89  5e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79556  predicted protein  27.04 
 
 
262 aa  89.4  5e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.116079 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0798  30S ribosomal protein S4e  26.29 
 
 
238 aa  87.8  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.287275 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04794  40S ribosomal protein S4, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06840)  25.97 
 
 
261 aa  86.3  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1747  30S ribosomal protein S4e  24.69 
 
 
237 aa  86.3  4e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.015598 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06200  conserved hypothetical protein  26.32 
 
 
263 aa  82.4  0.000000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>