131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3273 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3273  CreA  100 
 
 
154 aa  312  8e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0434  creA protein  77.85 
 
 
160 aa  251  2.0000000000000002e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2403  CreA family protein  79.73 
 
 
155 aa  249  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000790127  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0588  putative lipoprotein  75.74 
 
 
158 aa  230  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.253081  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03125  creA protein  73.24 
 
 
170 aa  223  9e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1436  creA protein  75.68 
 
 
159 aa  219  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0829  CreA family protein  67.59 
 
 
164 aa  219  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.272971  normal  0.0737603 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000206  CreA protein  68.92 
 
 
156 aa  217  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.665354  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05941  hypothetical protein  70.27 
 
 
157 aa  205  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2009  creA protein  61.74 
 
 
164 aa  189  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2522  CreA family protein  64.08 
 
 
164 aa  188  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1975  CreA family protein  62.22 
 
 
165 aa  184  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00187565  hitchhiker  0.00464967 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1788  CreA family protein  62.77 
 
 
165 aa  183  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.804701  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2655  CreA family protein  61.48 
 
 
166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.546871  normal  0.237745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2098  CreA  60 
 
 
161 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.409089  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2205  CreA family protein  58.62 
 
 
171 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2190  creA protein  57.93 
 
 
165 aa  180  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2415  CreA family protein  57.93 
 
 
171 aa  180  7e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113844  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2282  CreA family protein  57.93 
 
 
171 aa  179  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84118  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1735  CreA family protein  58.16 
 
 
162 aa  178  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1824  CreA family protein  57.66 
 
 
162 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00367873  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1872  CreA family protein  57.66 
 
 
162 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.210491  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2453  CreA family protein  57.66 
 
 
162 aa  174  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1836  CreA family protein  56.93 
 
 
162 aa  173  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3321  CreA family protein  44.36 
 
 
151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2505  CreA family protein  40.88 
 
 
186 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1167  CreA family protein  40 
 
 
150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.538794  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2014  CreA family protein  37.93 
 
 
151 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.418182  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2047  CreA family protein  41.5 
 
 
165 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  normal  0.359349 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1763  CreA family protein  40.54 
 
 
165 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2837  CreA family protein  39.47 
 
 
164 aa  97.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.542639  hitchhiker  0.00948652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2576  CreA family protein  39.47 
 
 
164 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.474356  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1414  hypothetical protein  37.16 
 
 
165 aa  95.9  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0931733  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1370  hypothetical protein  37.16 
 
 
165 aa  95.9  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.602896  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2864  hypothetical protein  38.84 
 
 
162 aa  91.3  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0817  CreA family protein  37.5 
 
 
153 aa  88.2  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2083  CreA  42.11 
 
 
155 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4719  CreA family protein  41.41 
 
 
183 aa  82.4  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0777837  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0569  hypothetical protein  33.99 
 
 
161 aa  81.3  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.204427  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0326  CreA  36.99 
 
 
156 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.884281  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5569  CreA family protein  45.22 
 
 
170 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2475  CreA family protein  33.33 
 
 
154 aa  80.1  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0227158  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5289  CreA family protein  42.61 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.205432  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1905  CreA  39.82 
 
 
155 aa  78.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0789  CreA family protein  34.25 
 
 
164 aa  78.2  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000658156  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2934  CreA family protein  37.88 
 
 
158 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000134682  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1050  hypothetical protein  37.31 
 
 
158 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013058  normal  0.385913 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3672  hypothetical protein  33.33 
 
 
160 aa  77  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.832034  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3678  CreA family protein  35.59 
 
 
152 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0457  CreA family protein  41.74 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.931999  normal  0.0137828 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4838  hypothetical protein  38.26 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46347  predicted protein  31.37 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.048303  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0558  hypothetical protein  36.52 
 
 
156 aa  75.9  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4999  hypothetical protein  38.26 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4997  hypothetical protein  38.26 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.820567 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04273  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3600  CreA family protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1640  CreA family protein  40.87 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5912  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4911  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4633  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4996  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0680  hypothetical protein  36.13 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000479478  normal  0.515655 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3659  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.959086  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4948  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04238  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4945  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4945  hypothetical protein  38.26 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4041  CreA  34.33 
 
 
157 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4747  hypothetical protein  35.46 
 
 
158 aa  73.9  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3866  hypothetical protein  32.03 
 
 
160 aa  73.9  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000248157  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4747  CreA family protein  39.13 
 
 
184 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00543414  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40750  CreA family protein  33.09 
 
 
150 aa  73.2  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4211  hypothetical protein  34.59 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000728234  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5214  CreA family protein  39.13 
 
 
184 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.304465 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0655  CreA family protein  37.39 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0806  CreA family protein  37.96 
 
 
167 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000826192  normal  0.327606 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0530  hypothetical protein  37.04 
 
 
158 aa  72  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0634  CreA family protein  37.39 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.265894  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1237  CreA family protein  36.57 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.074293 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0133  CreA family protein  40.35 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2345  CreA  40.35 
 
 
180 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00745568  normal  0.221071 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0978  CreA family protein  32.48 
 
 
161 aa  72  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590297  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0619  CreA  34.85 
 
 
161 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000154449  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0974  CreA family protein  33.83 
 
 
161 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000243201  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1098  CreA family protein  34.85 
 
 
161 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4988  CreA family protein  37.93 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109414  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1057  CreA family protein  34.85 
 
 
161 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000059839  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0801  creA protein  30.82 
 
 
156 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1693  creA protein  32.05 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000320611  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0724  CreA family protein  30.72 
 
 
153 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.604752  normal  0.0462373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3676  CreA family protein  38.6 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000448514  normal  0.0864202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2941  CreA  39.47 
 
 
182 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.518009  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0724  CreA family protein  29.8 
 
 
153 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1356  CreA family protein  30.72 
 
 
159 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.389056  normal  0.0606126 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1583  CreA  36.28 
 
 
186 aa  70.5  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38703  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2776  creA protein  37.61 
 
 
159 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1829  CreA protein  37.61 
 
 
159 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000182494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1471  putative CREA signal peptide protein  30.82 
 
 
169 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.708206  normal  0.156186 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0705  CreA  31.21 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>