16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2767 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2767  lipopolysaccharide core biosynthesis domain protein  100 
 
 		 287 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0159564  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2496  lipopolysaccharide core biosynthesis domain-containing protein  81.45 
 
 		 278 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2663  hypothetical protein  53.01 
 
 		 269 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3016  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  52.61 
 
 		 277 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567321  normal  0.0985209 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2806  lipopolysaccharide core biosynthesis domain-containing protein  52.63 
 
 		 269 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2729  lipopolysaccharide core biosynthesis domain-containing protein  52.87 
 
 		 262 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.097522 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4828  putative lipopolysaccharide glycosyltransferase  24.55 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0588871  hitchhiker  0.000203117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3151  putative lipopolysaccharide glycosyltransferase  27.69 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3995  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.94 
 
 		 269 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3914  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.94 
 
 		 269 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.276717  normal  0.0204062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3933  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.94 
 
 		 269 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4040  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.94 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0081  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  23.36 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1180  hypothetical protein  27.83 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0801298  hitchhiker  0.00212296 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2831  hypothetical protein  22.99 
 
 		 271 aa  48.9  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000150593  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4766  hypothetical protein  26.32 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>