16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3016 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3016  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  100 
 
 		 277 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567321  normal  0.0985209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2663  hypothetical protein  97.77 
 
 		 269 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2806  lipopolysaccharide core biosynthesis domain-containing protein  91.08 
 
 		 269 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2729  lipopolysaccharide core biosynthesis domain-containing protein  75.1 
 
 		 262 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.097522 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2496  lipopolysaccharide core biosynthesis domain-containing protein  53.41 
 
 		 278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482991  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2767  lipopolysaccharide core biosynthesis domain protein  52.61 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0159564  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3995  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  28.45 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4040  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  28.45 
 
 		 269 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3914  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  28.45 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.276717  normal  0.0204062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3933  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  28.45 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4828  putative lipopolysaccharide glycosyltransferase  27.08 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0588871  hitchhiker  0.000203117 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0081  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  26.94 
 
 		 283 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3151  putative lipopolysaccharide glycosyltransferase  26.51 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1180  hypothetical protein  29.67 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0801298  hitchhiker  0.00212296 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4766  hypothetical protein  27.42 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2831  hypothetical protein  22.6 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000150593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>