More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2116 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2116  sulfur transfer protein SirA  100 
 
 		 80 aa  169  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3625  sulfur transfer protein SirA  100 
 
 		 80 aa  169  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.385858 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1656  sulfur transfer protein SirA  98.75 
 
 		 80 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100562  normal  0.450785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1633  sulfur transfer protein SirA  96.25 
 
 		 80 aa  165  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44270  sulfur transfer protein SirA  87.84 
 
 		 79 aa  140  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3766  sulfur transfer protein SirA  87.84 
 
 		 79 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.769061  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3888  sulfur transfer protein SirA  75.95 
 
 		 83 aa  131  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.420847  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1827  sulfur transfer protein SirA  76.25 
 
 		 84 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0248688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20060  sulfur transfer protein SirA  81.08 
 
 		 85 aa  130  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1905  sulfur transfer protein SirA  81.08 
 
 		 83 aa  130  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00381161  normal  0.533797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2018  SirA protein, putative  72.5 
 
 		 84 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0674453  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2236  SirA family protein  69.01 
 
 		 77 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.278986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1779  SirA family protein  61.04 
 
 		 81 aa  103  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2411  SirA-like protein  55.56 
 
 		 83 aa  98.2  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1155  regulatory protein, MarR  57.35 
 
 		 82 aa  89  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.102823 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3877  sulfur transfer protein SirA  53.09 
 
 		 81 aa  89.4  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.899871  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3754  sulfur transfer protein SirA  51.85 
 
 		 81 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03319  cell developmental protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0245  SirA family protein  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0246  sulfur transfer protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3669  sulfur transfer protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4790  sulfur transfer protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3852  sulfur transfer protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3952  sulfur transfer protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03272  hypothetical protein  53.16 
 
 		 81 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0059  SirA-like  52.78 
 
 		 86 aa  86.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.470716 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3847  hypothetical protein  52.05 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3770  hypothetical protein  52.05 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3780  hypothetical protein  52.05 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3950  hypothetical protein  52.05 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.785107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3890  hypothetical protein  52.05 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0010  sirA protein  55.88 
 
 		 81 aa  85.1  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0092  sulfur transfer protein SirA  54.43 
 
 		 80 aa  84.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4069  SirA family protein  50.62 
 
 		 81 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3986  sulfur transfer protein SirA  50.63 
 
 		 84 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0232  sulfur transfer protein SirA  50.63 
 
 		 84 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0570  sulfur transfer protein SirA  50.63 
 
 		 84 aa  84.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4185  SirA family protein  50 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3882  SirA family protein  52.78 
 
 		 81 aa  84  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0087  sulfur transfer protein SirA  53.16 
 
 		 81 aa  84  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0054  hypothetical protein  51.39 
 
 		 86 aa  84  7e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0020  sulfur transfer protein SirA  54.41 
 
 		 81 aa  83.6  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000878962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1233  SirA family protein  50 
 
 		 79 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1263  SirA family protein  50 
 
 		 79 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600838  normal  0.692978 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1544  SirA-like  50.7 
 
 		 83 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409096  normal  0.0539174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0017  sulfur transfer protein SirA  52.94 
 
 		 81 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000196342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3979  SirA family protein  49.32 
 
 		 79 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0205  SirA family protein  49.37 
 
 		 81 aa  80.9  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.106509 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1572  sulfur transfer protein SirA  44.16 
 
 		 79 aa  80.5  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0015  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  79  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0013  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 81 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0011  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 81 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.119018  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3957  hypothetical protein  47.89 
 
 		 83 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0018  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2968  sulfur transfer protein SirA  50.72 
 
 		 83 aa  79.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0282279  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00453  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 82 aa  79  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0225  regulator of information in SirA family protein  51.43 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0017  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000123371 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0017  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0103959 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04046  sirA protein  52.94 
 
 		 86 aa  78.6  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0029  redox protein regulator of disulfide bond formation  50.7 
 
 		 99 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0748983  normal  0.0110056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51310  hypothetical protein  47.22 
 
 		 83 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001993  tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine synthase TusA  50 
 
 		 82 aa  78.2  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0012  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4280  SirA-like  51.47 
 
 		 83 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.277621  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4391  hypothetical protein  45.83 
 
 		 83 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0013  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000182945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0013  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0021  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.628095  hitchhiker  0.000000017124 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0140  SirA family protein  56.9 
 
 		 97 aa  77  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0019  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2495  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 		 82 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1367  SirA-like  43.59 
 
 		 79 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.463137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0013  sulfur transfer protein SirA  48.53 
 
 		 81 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000321499  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0011  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 		 81 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1085  SirA family protein  40.28 
 
 		 77 aa  73.9  0.0000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1659  SirA family protein  43.59 
 
 		 79 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.995311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1672  SirA family protein  41.1 
 
 		 76 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35370  SirA-like protein  43.84 
 
 		 83 aa  70.5  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1937  SirA family protein  41.56 
 
 		 76 aa  69.3  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.559837  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2557  hypothetical protein  42.25 
 
 		 76 aa  67.4  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00791893  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2187  SirA family protein  42.25 
 
 		 76 aa  67.4  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0108315  hitchhiker  0.000000214154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1458  SirA-like  44.3 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000274297  normal  0.357093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1134  hypothetical protein  39.13 
 
 		 75 aa  67  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450728 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0038  SirA family protein  32.47 
 
 		 78 aa  67  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000689982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3088  SirA-like  37.5 
 
 		 75 aa  65.5  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0861  SirA-like  40.58 
 
 		 75 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1982  hypothetical protein  38.96 
 
 		 79 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.948606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0033  hypothetical protein  40.58 
 
 		 78 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000671264  normal  0.064173 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2217  hypothetical protein  37.66 
 
 		 76 aa  65.5  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.403117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0794  SirA family protein  39.44 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000819157  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2932  SirA family protein  39.71 
 
 		 77 aa  65.1  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0967  SirA family protein  39.44 
 
 		 72 aa  65.5  0.0000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.500955  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1254  hypothetical protein  39.73 
 
 		 77 aa  64.7  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0574  hypothetical protein  37.5 
 
 		 75 aa  63.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000789219  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1298  SirA family protein  37.5 
 
 		 75 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0631  SirA family protein  36.36 
 
 		 76 aa  63.9  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.161479 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0125  SirA family protein  37.18 
 
 		 78 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0811  SirA-like protein  37.68 
 
 		 75 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0330  SirA family protein  40.54 
 
 		 80 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>