269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1155 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1155  regulatory protein, MarR  100 
 
 
82 aa  171  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.102823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1905  sulfur transfer protein SirA  64.71 
 
 
83 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00381161  normal  0.533797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1633  sulfur transfer protein SirA  61.76 
 
 
80 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1827  sulfur transfer protein SirA  54.32 
 
 
84 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0248688  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2411  SirA-like protein  59.7 
 
 
83 aa  93.6  9e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20060  sulfur transfer protein SirA  63.24 
 
 
85 aa  93.2  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1779  SirA family protein  54.05 
 
 
81 aa  91.3  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44270  sulfur transfer protein SirA  60.29 
 
 
79 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3766  sulfur transfer protein SirA  60.29 
 
 
79 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.769061  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0140  SirA family protein  51.81 
 
 
97 aa  90.5  8e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2018  SirA protein, putative  53.09 
 
 
84 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0674453  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2116  sulfur transfer protein SirA  57.35 
 
 
80 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1656  sulfur transfer protein SirA  57.35 
 
 
80 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100562  normal  0.450785 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0054  hypothetical protein  50.6 
 
 
86 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3625  sulfur transfer protein SirA  57.35 
 
 
80 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.385858 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0059  SirA-like  51.16 
 
 
86 aa  87.4  6e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.470716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3888  sulfur transfer protein SirA  57.35 
 
 
83 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.420847  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2236  SirA family protein  55.88 
 
 
77 aa  84.3  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.278986  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4280  SirA-like  46.91 
 
 
83 aa  84  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.277621  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0012  sulfur transfer protein SirA  47.37 
 
 
81 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0017  sulfur transfer protein SirA  46.75 
 
 
81 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000196342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0015  sulfur transfer protein SirA  47.95 
 
 
81 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04046  sirA protein  48.68 
 
 
86 aa  79.7  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0020  sulfur transfer protein SirA  46.05 
 
 
81 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000878962 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0011  sulfur transfer protein SirA  44.3 
 
 
81 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.119018  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0017  sulfur transfer protein SirA  44.3 
 
 
81 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000123371 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1572  sulfur transfer protein SirA  47.95 
 
 
79 aa  78.2  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0018  sulfur transfer protein SirA  44.3 
 
 
81 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0017  sulfur transfer protein SirA  44.3 
 
 
81 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0103959 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001993  tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine synthase TusA  47.83 
 
 
82 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0013  sulfur transfer protein SirA  46.25 
 
 
81 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000182945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0013  sulfur transfer protein SirA  46.25 
 
 
81 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0021  sulfur transfer protein SirA  46.25 
 
 
81 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.628095  hitchhiker  0.000000017124 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0019  sulfur transfer protein SirA  46.25 
 
 
81 aa  77  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0013  sulfur transfer protein SirA  44.3 
 
 
81 aa  77  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00453  sulfur transfer protein SirA  47.83 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4069  SirA family protein  47.89 
 
 
81 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3877  sulfur transfer protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  75.1  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.899871  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2495  sulfur transfer protein SirA  46.34 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2968  sulfur transfer protein SirA  43.9 
 
 
83 aa  74.7  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0282279  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0013  sulfur transfer protein SirA  43.42 
 
 
81 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000321499  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0011  sulfur transfer protein SirA  45 
 
 
81 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0092  sulfur transfer protein SirA  49.28 
 
 
80 aa  74.3  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0225  regulator of information in SirA family protein  47.89 
 
 
78 aa  73.9  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3882  SirA family protein  47.83 
 
 
81 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0010  sirA protein  41.46 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3780  hypothetical protein  47.89 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3950  hypothetical protein  47.89 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.785107  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3847  hypothetical protein  47.89 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3890  hypothetical protein  47.89 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3770  hypothetical protein  47.89 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03319  cell developmental protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0245  SirA family protein  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0087  sulfur transfer protein SirA  47.83 
 
 
81 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253958  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0246  sulfur transfer protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4790  sulfur transfer protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0570  sulfur transfer protein SirA  49.28 
 
 
84 aa  72.8  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0232  sulfur transfer protein SirA  49.28 
 
 
84 aa  72.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3669  sulfur transfer protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03272  hypothetical protein  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3852  sulfur transfer protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3952  sulfur transfer protein SirA  47.89 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3986  sulfur transfer protein SirA  49.28 
 
 
84 aa  72.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0205  SirA family protein  47.83 
 
 
81 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.106509 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0029  redox protein regulator of disulfide bond formation  48.57 
 
 
99 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0748983  normal  0.0110056 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3754  sulfur transfer protein SirA  46.48 
 
 
81 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2932  SirA family protein  42.65 
 
 
77 aa  66.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0794  SirA family protein  36 
 
 
76 aa  65.5  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000819157  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0810  hypothetical protein  34.25 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3088  SirA-like  36.76 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3746  SirA family protein  35.71 
 
 
74 aa  63.5  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00371656  unclonable  0.000000591857 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0811  SirA-like protein  34.25 
 
 
75 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0861  SirA-like  34.25 
 
 
75 aa  62  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2500  SirA family protein  34.72 
 
 
213 aa  61.6  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0756  SirA family protein  32.88 
 
 
75 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0477358 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0826  SirA family protein  32.88 
 
 
75 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1982  hypothetical protein  36.11 
 
 
79 aa  60.8  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.948606  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4391  hypothetical protein  40.58 
 
 
83 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4578  SirA-like protein  30.56 
 
 
75 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.408362  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1881  SirA family protein  30.56 
 
 
75 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.045708 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0952  SirA-like  30.56 
 
 
75 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.872302  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1434  SirA family protein  30.56 
 
 
75 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1412  SirA family protein  30.56 
 
 
75 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.960057 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1134  hypothetical protein  34.25 
 
 
75 aa  59.3  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00450728 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0738  rhodanese domain-containing protein  36.23 
 
 
186 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0001064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0672  hypothetical protein  38.24 
 
 
186 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00074605  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0776  rhodanese domain-containing protein  36.23 
 
 
186 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1144  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  39.13 
 
 
817 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000586256  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4506  rhodanese domain protein  33.33 
 
 
186 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000693639 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1233  SirA family protein  38.57 
 
 
79 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0686  hypothetical protein  36.76 
 
 
186 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.745505  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1263  SirA family protein  38.57 
 
 
79 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600838  normal  0.692978 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0870  rhodanese domain protein  36.76 
 
 
186 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000347313 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1718  SirA family protein  29.63 
 
 
81 aa  58.2  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4185  SirA family protein  38.57 
 
 
79 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312975  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1333  hypothetical protein  29.17 
 
 
77 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1353  SirA family protein  29.17 
 
 
75 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563442  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2894  SirA family protein  32.43 
 
 
75 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1314  SirA family protein  29.17 
 
 
75 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0565  SirA family protein  36.76 
 
 
189 aa  57.4  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000944688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>