More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2503 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2503  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  100 
 
 
294 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.90761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2163  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  85.71 
 
 
294 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0921  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  85.03 
 
 
294 aa  508  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.324584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1585  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  86.39 
 
 
294 aa  508  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1645  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  86.01 
 
 
295 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.277929  normal  0.44525 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1927  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  86.01 
 
 
295 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0416872  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1125  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  85.71 
 
 
294 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0337157  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0539  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  84.35 
 
 
294 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0185  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  84.98 
 
 
294 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0394  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  84.98 
 
 
294 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0491  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  81.63 
 
 
294 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0279  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  84.64 
 
 
294 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0600383 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0192  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  84.64 
 
 
294 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0155  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  81.63 
 
 
294 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3606  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  80.89 
 
 
294 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0496602 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0230  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  80.95 
 
 
294 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0543  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  81.91 
 
 
294 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0421  succinyl-CoA ligase, alpha subunit  81.23 
 
 
294 aa  475  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1299  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  78.91 
 
 
294 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.825438  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1181  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  79.18 
 
 
296 aa  467  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115705  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2229  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  78.16 
 
 
296 aa  461  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0024  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.67 
 
 
300 aa  444  1.0000000000000001e-124  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3971  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  75 
 
 
300 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.373268  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3682  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  75 
 
 
300 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2942  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  79 
 
 
300 aa  435  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0078  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  73.63 
 
 
294 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal  0.735177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0966  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  72.6 
 
 
294 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0932  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77.33 
 
 
300 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238727  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2626  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  72.6 
 
 
294 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.639809  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4124  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.33 
 
 
300 aa  426  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1925  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.67 
 
 
300 aa  423  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1853  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.67 
 
 
300 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2882  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha  71.58 
 
 
293 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0827  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  71.58 
 
 
293 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.623831 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1453  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  73.47 
 
 
291 aa  417  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.33077  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3397  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.42 
 
 
303 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2818  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  73.84 
 
 
302 aa  413  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1624  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  69.28 
 
 
291 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.392007  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3512  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  69.86 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4692  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  72.04 
 
 
278 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243539  normal  0.0624727 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0558  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  70.55 
 
 
294 aa  394  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.307305 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1212  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  70.65 
 
 
292 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0250  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.1 
 
 
290 aa  388  1e-107  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3397  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  68.03 
 
 
293 aa  385  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.891805 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4358  succinyl-CoA synthetase, subunit alpha  72.01 
 
 
290 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.122556 
 
 
-
 
NC_002978  WD1209  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.16 
 
 
291 aa  380  1e-104  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004109  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] alpha chain  67.01 
 
 
290 aa  374  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0810  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.78 
 
 
288 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.674167  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1376  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  63.82 
 
 
299 aa  374  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1373  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.53 
 
 
293 aa  371  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01358  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  66.67 
 
 
290 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3877  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000526587  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3847  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.48753e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3686  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0387134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3576  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0154825  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3594  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.372712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0714  succinyl-CoA ligase, alpha subunit  61.64 
 
 
291 aa  368  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000108729  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3933  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000608067  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3973  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00161204  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1670  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  66.67 
 
 
290 aa  370  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3882  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000124479  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1310  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
300 aa  368  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000061731  unclonable  1.5256899999999999e-25 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2548  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  63.61 
 
 
290 aa  368  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.12229 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1100  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.82 
 
 
300 aa  369  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0979666  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0849  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.64 
 
 
290 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0772  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.16 
 
 
289 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0798  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.16 
 
 
289 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0283915  normal  0.188512 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0895  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.16 
 
 
289 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0404555  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1888  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  65.61 
 
 
292 aa  365  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2039  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  61.64 
 
 
291 aa  364  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0862  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.16 
 
 
289 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0472557 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3658  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  62.46 
 
 
300 aa  365  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000316664  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0833  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.82 
 
 
289 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0260305  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1430  succinyl-CoA synthetase alpha chain  65.52 
 
 
290 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.204322  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2249  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.64 
 
 
290 aa  364  1e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1239  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.38 
 
 
290 aa  363  2e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.961959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1839  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.62 
 
 
290 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249209  normal  0.0388751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2499  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.64 
 
 
295 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.285546  normal  0.123009 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2625  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.62 
 
 
290 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000598296  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2487  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  62.12 
 
 
300 aa  363  2e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000153221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2512  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.62 
 
 
290 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.498228  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1993  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.14 
 
 
300 aa  363  2e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3097  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.38 
 
 
290 aa  363  2e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2505  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.62 
 
 
290 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00526313  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1158  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.95 
 
 
290 aa  363  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0598  succinyl-CoA synthetase alpha chain  61.51 
 
 
294 aa  362  3e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0956  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  63.36 
 
 
290 aa  362  3e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30915  predicted protein  65.41 
 
 
344 aa  362  3e-99  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2878  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.38 
 
 
290 aa  362  4e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2965  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.38 
 
 
290 aa  362  4e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1387  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.38 
 
 
290 aa  362  4e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.341558  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1147  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.82 
 
 
290 aa  362  4e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1229  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.48 
 
 
289 aa  362  5.0000000000000005e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143875 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2911  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.73 
 
 
290 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.861372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01878  Succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.14 
 
 
290 aa  361  7.0000000000000005e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2180  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.93 
 
 
290 aa  361  9e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1330  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  59.39 
 
 
302 aa  360  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247026  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1305  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  59.39 
 
 
302 aa  360  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0212377  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2907  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  63.82 
 
 
289 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0755  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  63.82 
 
 
289 aa  360  2e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>