More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0539 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0539  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  100 
 
 
294 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0279  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  98.29 
 
 
294 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0600383 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0185  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  95.56 
 
 
294 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0192  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  94.2 
 
 
294 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0394  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  93.86 
 
 
294 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0543  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  90.78 
 
 
294 aa  536  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0421  succinyl-CoA ligase, alpha subunit  90.44 
 
 
294 aa  533  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2163  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  88.44 
 
 
294 aa  525  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1585  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  89.46 
 
 
294 aa  525  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0921  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  87.41 
 
 
294 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.324584 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1645  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  89.08 
 
 
295 aa  519  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.277929  normal  0.44525 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1927  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  89.08 
 
 
295 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0416872  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1125  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  88.1 
 
 
294 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0337157  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0155  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  87.07 
 
 
294 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0491  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  87.07 
 
 
294 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0230  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  81.29 
 
 
294 aa  484  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3606  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  80.55 
 
 
294 aa  482  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0496602 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2229  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  81.57 
 
 
296 aa  481  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2503  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  84.35 
 
 
294 aa  475  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.90761 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1299  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  79.59 
 
 
294 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.825438  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1181  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  79.86 
 
 
296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115705  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3682  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77.33 
 
 
300 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3971  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77 
 
 
300 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.373268  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0078  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  76.71 
 
 
294 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal  0.735177 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0024  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.67 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0966  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  75.34 
 
 
294 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2626  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  75.34 
 
 
294 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.639809  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2942  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  80.33 
 
 
300 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1453  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.53 
 
 
291 aa  435  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.33077  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2882  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha  73.63 
 
 
293 aa  435  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0932  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  78 
 
 
300 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238727  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0827  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  72.6 
 
 
293 aa  431  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.623831 
 
 
-
 
NC_004310  BR1925  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77.33 
 
 
300 aa  428  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1853  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77.33 
 
 
300 aa  428  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4124  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77 
 
 
300 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3397  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.74 
 
 
303 aa  429  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1624  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  72.35 
 
 
291 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.392007  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4692  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  72.76 
 
 
278 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243539  normal  0.0624727 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3512  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  71.58 
 
 
295 aa  408  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2818  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  73.84 
 
 
302 aa  408  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1212  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  73.13 
 
 
292 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0558  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  71.58 
 
 
294 aa  404  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.307305 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3397  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  69.73 
 
 
293 aa  398  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.891805 
 
 
-
 
NC_002978  WD1209  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.16 
 
 
291 aa  391  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4358  succinyl-CoA synthetase, subunit alpha  73.38 
 
 
290 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.122556 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1100  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  67.24 
 
 
300 aa  388  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0979666  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0250  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.44 
 
 
290 aa  388  1e-107  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1376  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.89 
 
 
299 aa  388  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0810  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.78 
 
 
288 aa  386  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.674167  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2548  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  64.63 
 
 
290 aa  384  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.12229 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00688  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2907  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3877  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000526587  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3847  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.48753e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3686  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0387134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3576  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0154825  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3594  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.372712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0741  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3933  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000608067  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3882  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000124479  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1373  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.2 
 
 
293 aa  382  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3973  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00161204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0821  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00677  hypothetical protein  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2180  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  68.75 
 
 
290 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0648  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2927  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0776  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0755  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  68.26 
 
 
289 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0598  succinyl-CoA synthetase alpha chain  64.95 
 
 
294 aa  383  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1310  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
300 aa  382  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000061731  unclonable  1.5256899999999999e-25 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1430  succinyl-CoA synthetase alpha chain  68.62 
 
 
290 aa  384  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.204322  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3658  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.51 
 
 
300 aa  379  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000316664  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01358  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  67.01 
 
 
290 aa  378  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1670  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  67.7 
 
 
290 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0600  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.75 
 
 
291 aa  381  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0581  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  65.75 
 
 
291 aa  381  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1387  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  66.78 
 
 
290 aa  377  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.341558  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1556  succinate-CoA ligase (ADP-forming), alpha subunit  64.6 
 
 
294 aa  380  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2878  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  66.78 
 
 
290 aa  377  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2965  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  66.78 
 
 
290 aa  377  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1229  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  66.21 
 
 
289 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1791  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  68.4 
 
 
290 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.66969  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30915  predicted protein  66.78 
 
 
344 aa  377  1e-104  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1993  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.19 
 
 
300 aa  378  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1270  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.89 
 
 
290 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.531627  hitchhiker  0.00241286 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2487  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  64.16 
 
 
300 aa  376  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000153221  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0862  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.87 
 
 
289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0472557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2266  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  67.71 
 
 
290 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0833  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.53 
 
 
289 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0260305  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3485  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.16 
 
 
290 aa  374  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.622532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1638  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  67.71 
 
 
290 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0190398  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1713  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  67.71 
 
 
290 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0303591  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0798  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.87 
 
 
289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0283915  normal  0.188512 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01878  Succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.55 
 
 
290 aa  377  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1713  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  67.71 
 
 
290 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0092181  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2811  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  67.36 
 
 
290 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0772  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  65.87 
 
 
289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0156  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  64.16 
 
 
290 aa  374  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.852217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1158  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  66.32 
 
 
290 aa  376  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>