75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1112 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1112  putative vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  100 
 
 		 543 aa  1056    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.464917  normal  0.666929 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0169  hypothetical protein  44.01 
 
 		 508 aa  169  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2441  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  44.81 
 
 		 1231 aa  145  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4674  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  54.47 
 
 		 1241 aa  141  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.411402  normal  0.22515 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0303  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  57.02 
 
 		 1243 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2380  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  45.4 
 
 		 1262 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3325  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.31 
 
 		 1257 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  53.66 
 
 		 1236 aa  140  7.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1261  ribonucleotide reductase-related protein  53.72 
 
 		 978 aa  139  8.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.905113  hitchhiker  0.00163098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6038  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  53.23 
 
 		 1243 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.482275  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1231  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  55.26 
 
 		 1243 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  53.23 
 
 		 1247 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00235826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1102  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  55.26 
 
 		 1243 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1037  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  55.26 
 
 		 1243 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1162  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.62 
 
 		 1218 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.897146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1151  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  44.81 
 
 		 1217 aa  139  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210759  normal  0.34351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2560  ribonucleotide reductase-related protein  48.1 
 
 		 918 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1384  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  47.18 
 
 		 1205 aa  139  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.034072  normal  0.508089 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2084  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  45.57 
 
 		 1263 aa  138  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2472  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  45.03 
 
 		 1236 aa  138  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474976 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2544  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.61 
 
 		 1257 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.944514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2495  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.62 
 
 		 1218 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0184  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.66 
 
 		 1230 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2912  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.61 
 
 		 1256 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.824334  normal  0.16669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0933  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.62 
 
 		 1239 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0421297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4237  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  47.26 
 
 		 1258 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  0.211473 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1571  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  46.2 
 
 		 1265 aa  137  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3299  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  52.85 
 
 		 1244 aa  137  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0441324  normal  0.905318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2599  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  47.92 
 
 		 1256 aa  136  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1332  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.22 
 
 		 1258 aa  136  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1233  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.61 
 
 		 1263 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.521746  normal  0.0561989 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1785  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.62 
 
 		 1224 aa  136  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0800  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  42.68 
 
 		 1161 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0703  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  47.06 
 
 		 1513 aa  135  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1413  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.22 
 
 		 1271 aa  134  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114125  normal  0.496027 
 
 
-
 
NC_004310  BR1043  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.22 
 
 		 1264 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1008  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  51.22 
 
 		 1264 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1589  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  50.41 
 
 		 1271 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.872862 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0577  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  40.94 
 
 		 1521 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.288814 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0539  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  46.32 
 
 		 1146 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.413657  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2131  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  50.41 
 
 		 1263 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0716  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  50.41 
 
 		 1156 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00503093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1782  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  49.59 
 
 		 1148 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.360896  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0876  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  47.93 
 
 		 1141 aa  127  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0369071  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2198  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.3 
 
 		 929 aa  103  7e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.146649 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1613  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  39.16 
 
 		 925 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17170  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  42.65 
 
 		 985 aa  100  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2247  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  38.97 
 
 		 925 aa  97.8  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.22308  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2335  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  38.97 
 
 		 928 aa  97.8  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3177  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  39.34 
 
 		 1032 aa  95.1  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1124  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  40.87 
 
 		 1004 aa  92.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0740505  unclonable  0.0000199078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2540  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  41.27 
 
 		 1354 aa  92.4  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5426  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  38.58 
 
 		 963 aa  91.3  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.675495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5520  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  38.52 
 
 		 963 aa  90.9  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3507  ribonucleoside diphosphate reductase, B12-dependent  46.09 
 
 		 1281 aa  90.9  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.127912 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3976  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  45.54 
 
 		 988 aa  90.1  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.629167  normal  0.0657242 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1476  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  43.1 
 
 		 1098 aa  89.7  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00514202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1431  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.88 
 
 		 948 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154618  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1235  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  44.83 
 
 		 1011 aa  88.2  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432808 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3811  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.96 
 
 		 956 aa  88.6  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2425  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  41.74 
 
 		 938 aa  87.4  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1817  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.07 
 
 		 994 aa  86.3  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0780054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7129  Ribonucleoside-diphosphate reductase  38.66 
 
 		 945 aa  85.9  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27570  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  41.38 
 
 		 955 aa  85.9  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3898  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  38.98 
 
 		 951 aa  85.5  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2149  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  42.86 
 
 		 934 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4560  ribonucleoside-diphosphate reductase adenosylcobalamin-dependent  41.74 
 
 		 946 aa  84.7  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.847237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1411  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  40.87 
 
 		 962 aa  84  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0560908  decreased coverage  0.00000497983 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3326  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  41.74 
 
 		 1779 aa  84  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1453  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  40.87 
 
 		 963 aa  83.6  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.745934 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1586  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  39.13 
 
 		 1370 aa  80.1  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.945292  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1025  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  39.13 
 
 		 1331 aa  78.6  0.0000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400039  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2607  ribonucleotide reductase large subunit  35.09 
 
 		 177 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1804  ribonucleotide reductase large subunit  35.09 
 
 		 189 aa  68.6  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1970  ribonucleoside-diphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent  40.7 
 
 		 1180 aa  59.7  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.23883  decreased coverage  0.000751585 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>