38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4022 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_4022  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  555  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4113  hypothetical protein  90.88 
 
 		 274 aa  487  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0460  hypothetical protein  59.57 
 
 		 260 aa  308  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1194  hypothetical protein  44.57 
 
 		 264 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2930  cytochrome c family protein  45.96 
 
 		 205 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0541  hypothetical protein  47.57 
 
 		 187 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  32.53 
 
 		 199 aa  53.9  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  37.25 
 
 		 144 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  37.25 
 
 		 144 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  36.56 
 
 		 112 aa  48.9  0.00008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  29.36 
 
 		 132 aa  47.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 154 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 474 aa  47.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  32.04 
 
 		 132 aa  47.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  34.23 
 
 		 130 aa  47  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  28.75 
 
 		 123 aa  46.2  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  34 
 
 		 122 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  31.5 
 
 		 143 aa  46.2  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.111252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  36.11 
 
 		 165 aa  46.2  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  34 
 
 		 122 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  31.52 
 
 		 354 aa  45.8  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  33.33 
 
 		 111 aa  45.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  31.58 
 
 		 104 aa  44.3  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  27.06 
 
 		 127 aa  44.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 143 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3205  cytochrome c, class I  29.41 
 
 		 133 aa  43.5  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.983514  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3383  cytochrome c class I  29.63 
 
 		 120 aa  43.5  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  30 
 
 		 148 aa  42.7  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 185 aa  42.7  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  30.1 
 
 		 118 aa  42.7  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  30 
 
 		 148 aa  42.7  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0488  cytochrome c, class I  29.31 
 
 		 169 aa  42.7  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 220 aa  42.7  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  30.61 
 
 		 131 aa  42.4  0.009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  30.61 
 
 		 131 aa  42.4  0.009  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  34.44 
 
 		 296 aa  42  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  32.1 
 
 		 110 aa  42  0.01  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>