54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1008 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1008  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 124 aa  254  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.040213  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3252  type IV pilus assembly PilZ  98.39 
 
 		 124 aa  249  6e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3298  type IV pilus assembly PilZ  47.86 
 
 		 124 aa  117  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000457496  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3538  type IV pilus assembly PilZ  39.09 
 
 		 124 aa  93.2  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.95564  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0950  type IV pilus assembly PilZ  38.46 
 
 		 124 aa  92  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0336  type IV pilus assembly PilZ  34.75 
 
 		 121 aa  87.4  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11727  normal  0.442913 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1192  hypothetical protein  34.48 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0114728  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2430  type IV pilus assembly PilZ  33.64 
 
 		 117 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.232647  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0114  hypothetical protein  31.53 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0200931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0923  type IV pilus assembly PilZ  32.48 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0312  hypothetical protein  29.89 
 
 		 92 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0997  type IV pilus assembly PilZ  37.68 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1954  type IV pilus assembly PilZ  32.56 
 
 		 93 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0408  hypothetical protein  31.62 
 
 		 120 aa  58.2  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.528155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0837  type IV pilus assembly PilZ  26.5 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.699078  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0266  hypothetical protein  30.63 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.485965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0982  hypothetical protein  29.66 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.273415 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00996  hypothetical protein  25.71 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1134  type IV pilus assembly PilZ  29.41 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0577  type IV pilus assembly PilZ  26.27 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2804  type IV pilus assembly PilZ  28.8 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3128  type IV pilus assembly PilZ  28.24 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0228  hypothetical protein  28.04 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3285  type IV pilus assembly PilZ  33.04 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000151513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004403  hypothetical protein  28.57 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.364694  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3156  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 135 aa  52.8  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.254909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3353  type IV pilus assembly PilZ  32.69 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.210328  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0656  putative signaling protein  24.35 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3079  type IV pilus assembly PilZ  29.06 
 
 		 127 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.623121  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2813  type IV pilus assembly PilZ  27.12 
 
 		 123 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3180  type IV pilus assembly PilZ  29.06 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0971521  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2982  hypothetical protein  29.06 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.438088  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1011  type IV pilus assembly PilZ  27.05 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2133  hypothetical protein  27.52 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2523  hypothetical protein  28.07 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000798517  normal  0.122519 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2945  type IV pilus assembly PilZ  29.31 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.454411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3218  type IV pilus assembly PilZ  27.73 
 
 		 123 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3218  type IV pilus assembly PilZ  25.42 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1149  type IV pilus assembly PilZ  27.73 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.189898 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3357  type IV pilus assembly PilZ  27.73 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.91457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3368  type IV pilus assembly PilZ  24.39 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.967691  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3884  hypothetical protein  25.86 
 
 		 120 aa  44.7  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3535  type IV pilus assembly PilZ  26.67 
 
 		 125 aa  44.7  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.160119 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2329  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  25 
 
 		 760 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.412678  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3439  hypothetical protein  32.39 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1046  type IV pilus assembly PilZ  24.58 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.314079  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1111  type IV pilus assembly PilZ  24.58 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0883  type IV pilus assembly PilZ  32.22 
 
 		 167 aa  42.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4049  hypothetical protein  28.07 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1417  hypothetical protein  23.53 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4639  hypothetical protein  28.21 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1227  hypothetical protein  25.2 
 
 		 130 aa  42  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0609  type IV pilus assembly PilZ  29.03 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1050  type IV pilus assembly PilZ  24.59 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.418189 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>