55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4639 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4639  hypothetical protein  100 
 
 		 122 aa  249  7e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4274  hypothetical protein  82.79 
 
 		 122 aa  187  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4884  hypothetical protein  63.11 
 
 		 122 aa  160  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0757  type IV pilus assembly PilZ  59.5 
 
 		 123 aa  147  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5248  hypothetical protein  50.48 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60970  hypothetical protein  49.52 
 
 		 125 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0796  type IV pilus assembly PilZ  52.89 
 
 		 121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4642  type IV pilus assembly PilZ  54.7 
 
 		 128 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.769649 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0837  type IV pilus assembly PilZ  44.26 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.699078  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4504  type IV pilus assembly PilZ  54.55 
 
 		 120 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.833775  normal  0.872973 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1046  type IV pilus assembly PilZ  45.69 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.314079  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1111  type IV pilus assembly PilZ  45.69 
 
 		 130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1050  type IV pilus assembly PilZ  45.69 
 
 		 130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.418189 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4636  type IV pilus assembly PilZ  51.64 
 
 		 121 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.124678  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1227  hypothetical protein  43.97 
 
 		 130 aa  105  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0408  hypothetical protein  42.98 
 
 		 120 aa  104  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.528155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2813  type IV pilus assembly PilZ  43.1 
 
 		 123 aa  102  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2804  type IV pilus assembly PilZ  45.3 
 
 		 122 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3368  type IV pilus assembly PilZ  43.97 
 
 		 123 aa  99.4  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.967691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1011  type IV pilus assembly PilZ  40.87 
 
 		 121 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3357  type IV pilus assembly PilZ  43.22 
 
 		 123 aa  97.1  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.91457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1149  type IV pilus assembly PilZ  43.22 
 
 		 123 aa  97.1  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.189898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3218  type IV pilus assembly PilZ  43.22 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3535  type IV pilus assembly PilZ  41.67 
 
 		 125 aa  94.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.160119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3218  type IV pilus assembly PilZ  42.37 
 
 		 123 aa  93.6  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2982  hypothetical protein  41.74 
 
 		 127 aa  90.1  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.438088  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3180  type IV pilus assembly PilZ  40.68 
 
 		 127 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0971521  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3079  type IV pilus assembly PilZ  40.68 
 
 		 127 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.623121  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0982  hypothetical protein  40.87 
 
 		 123 aa  88.6  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.273415 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1036  type IV pilus assembly PilZ  40 
 
 		 125 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3031  type IV pilus assembly PilZ  42.06 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2945  type IV pilus assembly PilZ  42.62 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.454411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0590  type IV pilus assembly PilZ  36.89 
 
 		 125 aa  80.1  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0040025  unclonable  1.11393e-18 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3156  type IV pilus assembly PilZ  35.9 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.254909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0656  putative signaling protein  36.21 
 
 		 121 aa  77  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4049  hypothetical protein  38.05 
 
 		 120 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0609  type IV pilus assembly PilZ  34.17 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3884  hypothetical protein  33.33 
 
 		 120 aa  70.1  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0228  hypothetical protein  38.21 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2110  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.623877 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004403  hypothetical protein  37.29 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.364694  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00996  hypothetical protein  33.9 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2133  hypothetical protein  34.4 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1417  hypothetical protein  32.14 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2523  hypothetical protein  31.36 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000798517  normal  0.122519 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3298  type IV pilus assembly PilZ  30.48 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000457496  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1192  hypothetical protein  27.87 
 
 		 124 aa  51.6  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0114728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3252  type IV pilus assembly PilZ  29.06 
 
 		 124 aa  45.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3285  type IV pilus assembly PilZ  33.63 
 
 		 132 aa  45.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000151513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0950  type IV pilus assembly PilZ  28.46 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2445  type IV pilus assembly PilZ  22.52 
 
 		 119 aa  43.9  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.486639  normal  0.0846838 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3538  type IV pilus assembly PilZ  21.62 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.95564  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1289  type IV pilus assembly PilZ  23.26 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1008  type IV pilus assembly PilZ  28.21 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.040213  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2430  type IV pilus assembly PilZ  24.77 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.232647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>