68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3017 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3017  hypothetical protein  100 
 
 		 184 aa  365  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1266  hypothetical protein  87.5 
 
 		 184 aa  321  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000976749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2316  hypothetical protein  39.25 
 
 		 189 aa  132  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.401448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1797  ComEA-related protein  34.76 
 
 		 189 aa  115  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00425429  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1878  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins-like  37.84 
 
 		 192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.137152  hitchhiker  0.0012387 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1008  hypothetical protein  35.95 
 
 		 184 aa  94.7  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.286119  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2037  hypothetical protein  32.24 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2312  hypothetical protein  32.6 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.92281  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.11 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.82 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2014  DNA uptake protein  39.71 
 
 		 148 aa  57.8  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  46.43 
 
 		 279 aa  53.9  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  24.74 
 
 		 206 aa  53.9  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2117  DNA uptake protein  35 
 
 		 135 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35 
 
 		 296 aa  52  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1813  DNA uptake protein  35.29 
 
 		 173 aa  50.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.390701  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2047  DNA uptake protein  33.75 
 
 		 135 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0755007  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  44.07 
 
 		 298 aa  49.3  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48 
 
 		 278 aa  48.9  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.23 
 
 		 226 aa  48.5  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.25 
 
 		 250 aa  48.9  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  25.34 
 
 		 213 aa  48.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  44 
 
 		 128 aa  48.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  25.9 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.54 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2830  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 		 230 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.192028  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.61 
 
 		 304 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.4 
 
 		 250 aa  47  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2555  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  36.84 
 
 		 172 aa  46.2  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1596  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  47.83 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.29 
 
 		 181 aa  45.4  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  29.31 
 
 		 222 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  40.68 
 
 		 301 aa  45.8  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.16 
 
 		 320 aa  45.8  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3053  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  24.07 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  28.97 
 
 		 243 aa  45.1  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2156  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.6 
 
 		 90 aa  45.1  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.367346  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  29.88 
 
 		 422 aa  45.1  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  39.66 
 
 		 107 aa  45.1  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0729  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  44.83 
 
 		 126 aa  44.7  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.07 
 
 		 131 aa  44.3  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.62 
 
 		 225 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.29 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.07 
 
 		 269 aa  44.3  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1518  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.1 
 
 		 377 aa  43.9  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.663544  normal  0.893381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  26.14 
 
 		 261 aa  43.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  27.27 
 
 		 271 aa  43.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.25 
 
 		 205 aa  42.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1113  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  24.84 
 
 		 207 aa  42.4  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.560753 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.59 
 
 		 228 aa  42.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.83 
 
 		 220 aa  42.4  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  41.27 
 
 		 150 aa  42.4  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 		 277 aa  42  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  41.3 
 
 		 305 aa  42  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  24.34 
 
 		 204 aa  42  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  38.98 
 
 		 297 aa  42  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3525  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.84 
 
 		 267 aa  42  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3593  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.84 
 
 		 267 aa  42  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2245  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 326 aa  42  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.84 
 
 		 267 aa  42  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.84 
 
 		 290 aa  41.6  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0870  RNA binding S1 domain protein  43.14 
 
 		 756 aa  41.6  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.611113 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2285  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 		 175 aa  41.6  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  25 
 
 		 224 aa  41.6  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.85 
 
 		 184 aa  41.6  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  26.38 
 
 		 224 aa  41.6  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  40.43 
 
 		 262 aa  41.2  0.008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0066  flagellar hook protein FlgE  32.26 
 
 		 398 aa  40.8  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>