More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0652 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0652  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  100 
 
 
290 aa  583  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.413913 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5979  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  95.17 
 
 
290 aa  557  1e-158  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0361714  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1244  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  81.03 
 
 
291 aa  476  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.345661  normal  0.0101551 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0655  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  80.34 
 
 
291 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.374362 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4220  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  79.32 
 
 
295 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3812  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  76.87 
 
 
295 aa  449  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7986  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  75.25 
 
 
295 aa  445  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07740  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  73.9 
 
 
297 aa  444  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.55116  normal  0.434158 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4423  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  76.29 
 
 
292 aa  443  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.690796  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4202  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  75.85 
 
 
295 aa  440  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.886218  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04930  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.24 
 
 
295 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.861039  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3016  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.07 
 
 
296 aa  433  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0145094  normal  0.0121594 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0605  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  70.85 
 
 
295 aa  427  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.25955  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0381  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.74 
 
 
295 aa  429  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28150  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  74.75 
 
 
296 aa  422  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2576  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  75.93 
 
 
292 aa  422  1e-117  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3998  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  71.57 
 
 
299 aa  421  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0147811  normal  0.27288 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09100  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.06 
 
 
296 aa  424  1e-117  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0994579  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1266  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  77.78 
 
 
293 aa  419  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0021014  normal  0.775706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0816  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  70.33 
 
 
300 aa  419  1e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0061  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  75.26 
 
 
292 aa  415  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0728  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  70.57 
 
 
298 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6507  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  74.24 
 
 
296 aa  416  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2536  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  75.43 
 
 
292 aa  416  9.999999999999999e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.269234 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4116  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  73.29 
 
 
312 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10970  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  69.67 
 
 
303 aa  401  1e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107205  normal  0.560445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1342  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  67.43 
 
 
304 aa  403  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.077758  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3589  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  71.38 
 
 
297 aa  401  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0672  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  73.65 
 
 
297 aa  400  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.267798 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1866  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  67.67 
 
 
300 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0557225 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4326  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  70.57 
 
 
300 aa  396  1e-109  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4412  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  70.57 
 
 
300 aa  396  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00673609  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4706  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  70.23 
 
 
300 aa  394  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04280  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  71.71 
 
 
306 aa  392  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.844796  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3310  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  70.33 
 
 
300 aa  392  1e-108  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4869  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  69.67 
 
 
300 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.300711 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0933  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  69 
 
 
300 aa  386  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1275  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  59.17 
 
 
292 aa  334  1e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.43914  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0457  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  55.37 
 
 
303 aa  318  6e-86  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.355464  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1702  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  53.77 
 
 
293 aa  310  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3739  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  56.36 
 
 
290 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00386146  unclonable  0.000000000321721 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0073  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  56.55 
 
 
289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3250  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  56.01 
 
 
290 aa  304  9.000000000000001e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0118943  unclonable  0.0000183638 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5544  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  55.67 
 
 
291 aa  304  1.0000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1376  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  53.45 
 
 
299 aa  301  6.000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1465  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  51.38 
 
 
308 aa  299  4e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0774  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.22 
 
 
286 aa  298  7e-80  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1221  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  52.9 
 
 
292 aa  298  8e-80  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0392735  normal  0.972662 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2788  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  51.72 
 
 
308 aa  298  8e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2183  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  53.79 
 
 
339 aa  297  1e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2819  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  54.98 
 
 
296 aa  295  6e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0320  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  57.14 
 
 
295 aa  295  8e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.836774  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1700  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.92 
 
 
287 aa  293  2e-78  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0780  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.57 
 
 
287 aa  293  3e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.701708  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0202  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.57 
 
 
287 aa  293  3e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.745722 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0115  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  50.69 
 
 
291 aa  293  3e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1993  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  291  6e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3658  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  291  8e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000316664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2487  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.52 
 
 
300 aa  291  9e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000153221  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0714  succinyl-CoA ligase, alpha subunit  49.48 
 
 
291 aa  290  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000108729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00688  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2907  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0776  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1100  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  290  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0979666  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0106  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) alpha subunit  50.69 
 
 
291 aa  290  2e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0598  succinyl-CoA synthetase alpha chain  50.87 
 
 
294 aa  290  2e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1041  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  50 
 
 
290 aa  290  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.201704 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00677  hypothetical protein  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0741  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0821  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0648  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2927  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0755  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  52.4 
 
 
289 aa  290  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0439  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  55.36 
 
 
289 aa  290  3e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.551094  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3222  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  50 
 
 
290 aa  289  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2498  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  53.5 
 
 
292 aa  289  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3723  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  53.57 
 
 
329 aa  289  4e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.793133  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3847  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.48753e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3877  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000526587  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3686  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0387134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3576  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0154825  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3594  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.372712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3973  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00161204  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3933  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000608067  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1310  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000061731  unclonable  1.5256899999999999e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3882  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  50.17 
 
 
300 aa  288  6e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000124479  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0157  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.57 
 
 
287 aa  288  6e-77  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2180  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  52.05 
 
 
290 aa  288  8e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4348  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  49.31 
 
 
291 aa  287  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.265556  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1229  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.37 
 
 
289 aa  286  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143875 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0156  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  48.62 
 
 
290 aa  286  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.852217  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1556  succinate-CoA ligase (ADP-forming), alpha subunit  50.52 
 
 
294 aa  286  2e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3485  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  48.62 
 
 
290 aa  286  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.622532  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0270  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  49.31 
 
 
291 aa  286  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0288  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  51.93 
 
 
290 aa  286  4e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2965  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.74 
 
 
290 aa  285  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1387  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.74 
 
 
290 aa  285  5e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.341558  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2878  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  51.74 
 
 
290 aa  285  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1658  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  52.05 
 
 
290 aa  285  5e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0294249  normal  0.471073 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0581  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  49.65 
 
 
291 aa  285  5.999999999999999e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>