46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0302 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0302  response regulator  100 
 
 		 149 aa  301  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0396154  decreased coverage  0.00000818495 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3738  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 150 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174307  normal  0.0184416 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4626  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 150 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.716326  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6521  response regulator receiver protein  31.33 
 
 		 151 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.557152  normal  0.106404 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0564  response regulator receiver domain-containing protein  38.52 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1533  response regulator receiver domain-containing protein  28.97 
 
 		 149 aa  72  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0503876  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1100  response regulator receiver domain-containing protein  30.28 
 
 		 154 aa  71.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0543  response regulator receiver domain-containing protein  29.14 
 
 		 162 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3243  response regulator receiver protein  26 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6155  response regulator receiver protein  30 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.831592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3317  response regulator receiver domain-containing protein  26.17 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.147555  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  40.68 
 
 		 737 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  33 
 
 		 220 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1596 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6154  response regulator receiver protein  25.5 
 
 		 414 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2475  sensor histidine kinase/response regulator  42.11 
 
 		 784 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446979  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  33 
 
 		 220 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4802  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 910 aa  42.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.150201 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3196  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  29.2 
 
 		 346 aa  43.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.287158 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1601  GAF sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 		 685 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0518398  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 903 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 221 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0563  response regulator receiver domain-containing protein  24.66 
 
 		 407 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  32 
 
 		 220 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1110 aa  42  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000219546 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 1350 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01633  aerobic respiration control sensor protein ArcB  43.86 
 
 		 784 aa  41.2  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  36.08 
 
 		 224 aa  41.2  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 982 aa  41.2  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  31.96 
 
 		 229 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3355  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 		 685 aa  40.8  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0162851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 214 aa  40.8  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0551  PAS  35.59 
 
 		 1026 aa  40.8  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.425664 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 		 1548 aa  41.2  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3747  aerobic respiration control sensor protein ArcB  45.61 
 
 		 781 aa  40.8  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.244728  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 827 aa  40.4  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1009 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.2 
 
 		 655 aa  40.4  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4465  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  32.98 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0436659 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 243 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  33.9 
 
 		 794 aa  40.4  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  30.61 
 
 		 214 aa  40.4  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 945 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2972  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 242 aa  40  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.538919  hitchhiker  0.000910386 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0631  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 214 aa  40  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.151672 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>