More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0009 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0009  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0261857  hitchhiker  0.000595412 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0025  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.581266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0074  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  240  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.376676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0081  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  240  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032a  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 128 bp  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0066  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.523517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0023  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0311717 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0060  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0030  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0024  5S ribosomal RNA  91.35 
 
 		 114 bp  135  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0052  5S ribosomal RNA  91.35 
 
 		 114 bp  135  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.100242  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0075  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 98 bp  115  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0012  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0036  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0011  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0055  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0054  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0037  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0015  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0075  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000486693  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0072  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0005  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 64 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  88.41 
 
 		 114 bp  73.8  0.000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  88.41 
 
 		 114 bp  73.8  0.000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0036  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0054  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0106788 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_R0002  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 		 110 bp  67.9  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.84828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_R0001  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 		 110 bp  67.9  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.119355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0016  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0028  5S ribosomal RNA  90.2 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.348714  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0007  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0037  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0004  5S ribosomal RNA  90.2 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 122 bp  61.9  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0034  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0014  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 110 bp  61.9  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.320742  normal  0.807419 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0053  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 122 bp  61.9  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 122 bp  61.9  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0030  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 114 bp  60  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000331243  normal  0.673605 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0050  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 114 bp  60  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.973161 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0058  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000489313  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0061  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  60  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0031  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0107699  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  85.51 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  85.51 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  85.51 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  91.11 
 
 		 129 bp  58  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>