108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0050 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0030  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000331243  normal  0.673605 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0050  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.973161 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  85.29 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  85.29 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0022  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0061  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0017  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S1  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 123 bp  71.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.25658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S2  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 123 bp  71.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.147903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r01  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 126 bp  65.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r04  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 126 bp  65.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.596836  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr01  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 119 bp  65.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1017  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1581  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1789  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.055936  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0014  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0022  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0058  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0068  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0015  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0072  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0075  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000486693  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0011  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0012  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0036  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0037  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0054  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0055  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0061  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0058  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000489313  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0031  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0107699  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0009  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0261857  hitchhiker  0.000595412 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0025  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.581266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0032a  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 128 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0074  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.376676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0081  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 123 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0023  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0311717 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0030  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0060  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0066  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.523517 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0014  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 109 bp  56  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0018  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 109 bp  56  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0028  5S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 109 bp  56  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0010  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.780985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0022  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0013  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464896  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0024  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0029  5S ribosomal RNA  85.92 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0026  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 128 bp  52  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0050  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 118 bp  52  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  normal  0.069231 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0026  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.255139  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 122 bp  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 122 bp  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 122 bp  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0096  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000182454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0003  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 114 bp  50.1  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0006  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 114 bp  50.1  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5010  5S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 116 bp  50.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0008  5S ribosomal RNA  82.5 
 
 		 120 bp  48.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0066  5S ribosomal RNA  82.5 
 
 		 120 bp  48.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0013  5S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0019  5S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0023  5S ribosomal RNA  84 
 
 		 108 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0024  5S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0025  5S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0026  5S ribosomal RNA  84 
 
 		 108 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0027  5S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0029  5S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 114 bp  48.1  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0039  5S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 114 bp  48.1  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  83.1 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  83.1 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0045  5S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0061  5S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 114 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>