More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0042 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  228  2e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  228  2e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0016  5S ribosomal RNA  93.85 
 
 		 115 bp  97.6  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  90.79 
 
 		 116 bp  95.6  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  90.79 
 
 		 116 bp  95.6  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 116 bp  91.7  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 116 bp  91.7  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0058  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  87.7  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000489313  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 114 bp  87.7  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 117 bp  87.7  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0028  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349072  normal  0.465513 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 114 bp  87.7  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 117 bp  87.7  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0061  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  87.7  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 117 bp  87.7  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 117 bp  87.7  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0039  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0031  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  87.7  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0107699  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  87.06 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0028  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.348714  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_R0061  5S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 118 bp  81.8  0.00000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0004  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 117 bp  79.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0040  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0050  23S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0046  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0037  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.10728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0058  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 114 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0004  5S ribosomal RNA  90.16 
 
 		 118 bp  73.8  0.000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.357792  normal  0.0566937 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0028  5S ribosomal RNA  90.16 
 
 		 118 bp  73.8  0.000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.678943  hitchhiker  0.00874775 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0013  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464896  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0029  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0024  5S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0053  5S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.545293  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0031  5S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00046496  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0009  5S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0048  5S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000922958  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0022  5S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0023  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.881601  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0042  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.1617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0047  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0065  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0005  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0018  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0020  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0033  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0049  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0052  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0076  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0092  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.214269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>