210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0065 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0023  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.881601  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.1617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0047  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0065  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 117 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 117 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 117 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 117 bp  97.6  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0078  5S ribosomal RNA  89.87 
 
 		 115 bp  93.7  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.245151  normal  0.151897 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0029  5S ribosomal RNA  89.87 
 
 		 115 bp  93.7  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.257229  normal  0.552456 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0012  5S ribosomal RNA  89.87 
 
 		 115 bp  93.7  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0004  5S ribosomal RNA  89.87 
 
 		 115 bp  93.7  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.577607  decreased coverage  0.00000414863 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0071  5S ribosomal RNA  89.87 
 
 		 115 bp  93.7  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100588 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 122 bp  77.8  0.0000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 122 bp  77.8  0.0000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 122 bp  77.8  0.0000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0007  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0044  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000702474  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 129 bp  69.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 129 bp  69.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 129 bp  69.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0026  5S ribosomal RNA  92.16 
 
 		 128 bp  69.9  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0047  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0124102  hitchhiker  0.00149945 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0026  5S ribosomal RNA  92.16 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.255139  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0029  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0048  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.48355  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 129 bp  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 129 bp  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 129 bp  65.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  85 
 
 		 123 bp  63.9  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  85 
 
 		 123 bp  63.9  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0014  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0019  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0027  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0032  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.998311  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  85 
 
 		 123 bp  63.9  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  85 
 
 		 123 bp  63.9  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0044  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14048  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 124 bp  61.9  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000166402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0043  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.834046 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0065  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0066  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.225371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0003  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 114 bp  60  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0006  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 114 bp  60  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0077  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0076  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0022  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0034  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0054  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0055  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.579519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0068  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.106732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>