230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06930 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  244  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  93.16 
 
 		 117 bp  168  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0037  5S ribosomal RNA  93.91 
 
 		 118 bp  165  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0020  5S ribosomal RNA  93.91 
 
 		 118 bp  165  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.803833  normal  0.34124 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 117 bp  161  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 117 bp  161  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 117 bp  151  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 117 bp  151  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 117 bp  151  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 117 bp  151  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 117 bp  151  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  91.74 
 
 		 116 bp  145  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  91.74 
 
 		 116 bp  145  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  91.74 
 
 		 116 bp  145  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  91.74 
 
 		 116 bp  145  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0038  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  143  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0784313  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0046  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  143  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03880  5S ribosomal RNA  89.92 
 
 		 165 bp  141  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.158034  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14270  5S ribosomal RNA  89.92 
 
 		 166 bp  141  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00060826  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0007  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  135  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0029  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  135  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0048  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  135  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.48355  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13570  5S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 164 bp  133  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.053497  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04520  5S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 164 bp  133  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.342927  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21630  5S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 164 bp  133  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.427298  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 117 bp  131  5.0000000000000004e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 117 bp  131  5.0000000000000004e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 117 bp  131  5.0000000000000004e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  91.84 
 
 		 117 bp  131  5.0000000000000004e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0044  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000702474  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 117 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12360  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 129 bp  127  7e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0222476  normal  0.150299 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07400  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 129 bp  127  7e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.224286  normal  0.168407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0047  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0124102  hitchhiker  0.00149945 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 122 bp  125  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 122 bp  125  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 122 bp  125  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0017  5S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 116 bp  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0024  5S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 116 bp  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00043678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0030  5S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 117 bp  117  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.539781  decreased coverage  0.000469823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0065  5S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0841821  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0034  5S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 129 bp  111  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 129 bp  111  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 129 bp  111  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0033  5S ribosomal RNA  87.07 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00237369  normal  0.031126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0032  5S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00233043  normal  0.030987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0050  5S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00286866  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0066  5S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 117 bp  107  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0845472  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0051  5S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 117 bp  107  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00290492  normal  0.0194127 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  86.73 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 117 bp  105  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 117 bp  105  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0054  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0160021  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0068  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0078  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 129 bp  95.6  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  88.64 
 
 		 132 bp  95.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  88.64 
 
 		 132 bp  95.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 129 bp  95.6  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 129 bp  95.6  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0009  5S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 117 bp  93.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0647002  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0025  5S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 117 bp  93.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0315832  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0055  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.579519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0067  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.107142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0076  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0068  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.106732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0077  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0021  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0034  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0022  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0035  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0054  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 117 bp  89.7  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  89.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 115 bp  89.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>