More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0058 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  90.18 
 
 		 116 bp  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0007  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 122 bp  127  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0032  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 122 bp  127  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0043  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 122 bp  127  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122587 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  127  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  125  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  125  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0007  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 129 bp  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0033  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 129 bp  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.341902  normal  0.519563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0041  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 129 bp  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.114691 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0066  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.225371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0065  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  111  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0021  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0022  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.631402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0034  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0035  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.457596 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0077  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0068  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.106732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0067  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.107142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0076  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0054  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0055  5S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 117 bp  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.579519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0063  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0060  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0029  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000935796 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0022  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0017  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25510  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 129 bp  99.6  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07460  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 129 bp  99.6  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.875946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05580  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 129 bp  99.6  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0023  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.881601  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0042  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.1617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0047  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0065  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12360  5S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 129 bp  97.6  6e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0222476  normal  0.150299 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07400  5S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 129 bp  97.6  6e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.224286  normal  0.168407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0007  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0048  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.48355  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0018  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0023  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0031  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0953498  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0062  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0065  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0044  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000702474  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 117 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0047  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0124102  hitchhiker  0.00149945 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0029  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21630  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 164 bp  85.7  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.427298  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13570  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 164 bp  85.7  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.053497  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04520  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 164 bp  85.7  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.342927  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0017  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0024  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00043678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0030  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.539781  decreased coverage  0.000469823 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0037  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0034  5S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0020  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.803833  normal  0.34124 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0078  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  79.8  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 115 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 117 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0054  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  79.8  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0160021  normal  0.653325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>