More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_R0069 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  100 
 
 
115 bp  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  100 
 
 
115 bp  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  100 
 
 
115 bp  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 
115 bp  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0032  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0070  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.260067  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0022  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  95.58 
 
 
132 bp  184  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  95.58 
 
 
132 bp  184  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0025  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 
117 bp  151  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0315832  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0009  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 
117 bp  151  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0647002  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0025  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 
117 bp  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.102792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0036  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 
117 bp  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.484974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0050  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 
117 bp  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00973992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 
117 bp  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SA  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 
112 bp  143  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SB  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 
112 bp  143  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.271264  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  90 
 
 
116 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  90 
 
 
116 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  90 
 
 
116 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  90 
 
 
116 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  90 
 
 
117 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  90 
 
 
117 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0039  5S ribosomal RNA  90 
 
 
116 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0028  5S ribosomal RNA  90 
 
 
116 bp  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349072  normal  0.465513 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0043  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 
117 bp  103  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.304759  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0005  5S ribosomal RNA  91.21 
 
 
117 bp  101  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.52738  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0016  5S ribosomal RNA  91.21 
 
 
117 bp  101  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.384299  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 
123 bp  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 
123 bp  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 
123 bp  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  88.24 
 
 
123 bp  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  87.21 
 
 
116 bp  83.8  0.000000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  87.21 
 
 
116 bp  83.8  0.000000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
117 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
116 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
116 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
116 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
117 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
117 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
117 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
116 bp  79.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07400  5S ribosomal RNA  89.39 
 
 
129 bp  75.8  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.224286  normal  0.168407 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0066  5S ribosomal RNA  87.18 
 
 
117 bp  75.8  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.225371  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12360  5S ribosomal RNA  89.39 
 
 
129 bp  75.8  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0222476  normal  0.150299 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0065  5S ribosomal RNA  87.18 
 
 
116 bp  75.8  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22453  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
117 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 
111 bp  73.8  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 
111 bp  73.8  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 
117 bp  73.8  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 
117 bp  73.8  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  87.67 
 
 
117 bp  73.8  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 
117 bp  73.8  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 
117 bp  73.8  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  85.23 
 
 
116 bp  71.9  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  100 
 
 
114 bp  71.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  100 
 
 
114 bp  71.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5746  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5749  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
111 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000534541  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5764  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5767  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
111 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000116151  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5770  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
111 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000576243  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5773  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
119 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000000449498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-5s-8  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
119 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-5s-9  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
119 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000019949  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_r02  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
119 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-5SrRNA_1  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
118 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-5SrRNA_10  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
118 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-5SrRNA_11  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
114 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.069713  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_5  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
118 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_6  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
118 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_8  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
118 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-5SrRNA_9  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
118 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SB  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SC  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0798031  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SD  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000175937  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SE  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.711544  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SF  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.932076  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SG  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SH  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba5SI  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000960299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>